由於HPV廣泛存在於自然界，人的面板、消化道、呼吸道等都有這種病毒。所以，凡是有性生活的女性，都有可能通過性接觸將HPV帶到自己的生殖道內。普查發現HPV感染者並非少見。60％～70％的女性在其一生中都感染過HPV，但這種感染通常是一過性的。
大多數女性體內的免疫系統可以把進入體內的HPV消滅掉，只有少數免疫機能比較弱的女性無法消滅進入體內的HPV，造成HPV持續感染(大約8～12年)，才可能發展成子宮頸癌。臨床的HPV-DNA檢測法發現異常，能夠為患者贏得足夠的預防和治療時間。
生殖器HPV感染的潛伏期變化極大。一般來說，生殖器疣在HPV感染3～6月後顯現，然而也有研究表明潛伏期有數個月甚至幾十年絕大多數的HPV感染是一過性的，新發感染大多1～2年內會發生自愈僅有少數的HPV感染會保持潛伏性，幾年或幾十年後會再激。
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