多種病因可引起低枸櫞酸尿，如I型腎小管酸中毒、腸源性高草酸尿、吸收性高鈣尿和腎性高鈣尿、過多動物蛋白攝人、慢性腹瀉、口服噻嗪類利尿劑等。一些研究揭示原發性甲狀旁腺功能亢進症患者只有在低枸櫞酸尿時才形成腎結石，而尿枸櫞酸排出正常者不形成結石。
1、遠端腎小管酸中毒：這是鈣性尿石症的常見原因之一。張德元等報道9例腎小管酸中毒病例，8例伴有低枸櫞酸尿。腎小管性酸中毒細胞內H’增多，致使尿pH增高，而尿鈣增高及尿枸櫞酸降低，則因其重吸收增加所致。完全性。腎小管性酸中毒患者尿枸櫞酸可降至<100mg/d。
2、慢性腹瀉致繼發性酸中毒：在Crohn病、結腸炎、胃大部分切除及迴腸切除或分流術後均可引起慢性腹瀉，以致小腸對枸櫞酸的吸收減少，濾過的枸櫞酸鹽下降33％，而導致低枸櫞酸尿。
3、噻嗪類藥物引起低鉀血：使用噻嗪類藥物的患者，其血鉀、尿鈣及尿枸櫞酸均會降低，造成低鉀血及低枸櫞酸尿。
4、尿路感染：尿路感染時，細菌可分解氨為銨及羥基離子並使尿液鹼化而減少磷酸鈣的溶解度。長時間的持續感染可以產生枸櫞酸裂解酶而降低尿枸櫞酸。
5、原發性甲狀旁腺功能亢進症：甲狀旁腺激素可促使枸櫞酸鹽排洩增加。甲狀旁腺功能亢進可使PTH分泌增加，低枸櫞酸尿形成，並促進泌尿繫結石形成。尿枸櫞酸排出正常者不易形成結石。
6、鈉離子代謝紊亂：正常人1：3服鈉250mmol/d。尿枸櫞酸可減少約O.63mmol/d，長期的鈉離子負荷紊亂可致低枸櫞酸尿發生。
7、胃腸鹼淨吸收降低：由各種原因所致的胃腸鹼淨吸收降低可導致低枸櫞酸尿而致泌尿繫結石形成。根據Oh設計的計算公式：胃腸鹼淨吸收=（尿鈉+尿鉀+尿鈣+尿鎂）-（尿氯+1.8×尿磷），可估計飲食所產生酸或鹼負荷作用對枸櫞酸鹽排洩的影響。正常24h尿枸櫞酸鹽與胃腸鹼淨吸收呈正相關。
8、原發性腸道枸櫞酸吸收不良：Fegan等對7例特發性低枸櫞酸腎結石患者和7例正常人做枸櫞酸吸收對比檢測，兩組均給予口服枸櫞酸鉀40mmol/d，發現正常組腸液內96％。98％的枸櫞酸在3h內被吸收，而結石組枸櫞酸吸收雖良好，但枸櫞酸的排洩比胃腸道吸收的枸櫞酸低，其原因可能是由於存在鈉一枸櫞酸的輔助轉運因子基因有所改變。
9、動物蛋白攝入過多：因動物蛋白含硫氨基酸在體內氧化產生硫酸鹽，結果產生的酸負荷導致尿枸櫞酸鹽排洩降低。由於尿pH降低和尿尿酸增加，導致未離解尿酸濃度增加，從而有利於尿酸結晶形成，但未發現鈣鹽濃度及兵抑制活性有變化。
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