除了喉癌及宮頸癌、口腔癌等惡性腫瘤外，HPV還可以引起一些別的良性病變（注意這裡說的良性病變是針對惡性腫瘤而言，不是說良性病變就不嚴重）。越來越多的研究顯示，在HPV相關的疾病中，不同疾病可以由某一種型別HPV或多種型別HPV引起，反過來同一種型別的HPV也可引起不同疾病。某些特定HPV型別與某種疾病或人體某個特定部位的病變以及病變性質有關。HPV導致的良性病變最常發生於面板和肛門生殖器部位，且大多數是由低危型HPV病毒引起的。
1、尖銳溼疣
在所有HPV型別中，有40多種可以感染人肛門生殖器黏膜，常引起尖銳溼疣等多種泌尿生殖道疾病，最常見的型別是HPV6、11、40、42、43、44型。其中HPV6、11是最主要的HPV型別，在世界各國都佔絕對優勢。
2、複發性呼吸道乳頭狀瘤病
複發性呼吸道乳頭狀瘤病是一種病毒源性疾病，通常由HPV6和11引起，常伴有氣道外生性損害，儘管在形態學上是一種良性疾病，但因為累及氣道和有惡變危險而存在潛在惡性後果。
3、尋常疣、扁平疣、絲狀疣、甲周疣、跖疣等
上述常見的面板良性增生性疾病也與一些HPV亞型有關。
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