HPV還不能進行體外病毒培養，組織切片或細胞塗片後染色鏡檢方法的靈敏度也比較低，而臨床常用於其他病原體檢測的血清學方法對於診斷HPV感染來說結果也並不可靠。目前臨床上直接或間接檢測HPV的手段主要包括以下幾個方面：一是組織活檢，通過細胞的形態學改變來判斷。典型的改變是表皮細胞核周空泡等。也可以進一步進行免疫組化檢測，準確性較高，但由於是有創傷的操作，取材麻煩，實際應用相對不多。二是液基細胞學檢測(TCT)，TCT在一定程度上也可以檢測HPV感染的存在，不過與分子生物學檢測的方法比較，敏感性較差。三是依賴於分子生物學技術手段對HPV DNA進行檢測，包括核酸雜交和PCR方法等，根據具體的方法，可以對HPV進行定量檢測和分型檢測。這些方法包括傳統雜交法、雜交捕獲法、PCR法等。下面簡單介紹一下分子生物學方法。
一、傳統雜交法
特異度高、直觀等優點，但操作複雜，靈敏度較PCR法低，而且需要新鮮組織樣本，不便於臨床推廣。
二、雜交捕獲法
由美國Digene公司生產的第二代雜交捕獲法HybridCaptureⅡSystems(HC2)是一種液相雜交法，是目前唯一被美國食品藥品監督管理局批准的HPV DNA檢測技術，它能同時檢測出13種高危型型病毒(HPVl6、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68)和5種低危型病毒(6、11、42、43、44)。雖然美國CDC批准了HC2檢測低危型，但目前國內的試劑只能檢測高危型。HC2高危型檢測靈敏度較好、重複性高，但其缺點在於不能確定具體HPV亞型，且檢測成本昂貴，在經濟欠發達地區很難推廣。另外，HC2還存在一定的交叉雜交的問題，有時會引起假陽性結果。
HC2檢測是目前臨床高危型HPV檢測領域很重要，很常用的方法，也是宮頸癌篩查的首選方法。HC2統一的臨床判定標準≥1.0pg/ml(相當於5000病毒拷貝/次)。需要特別指出，HC2 HPVDNA檢測結果陰性並不代表完全沒有感染HPV，只是代表其體內HPV含量低於5000拷貝/次。病毒含量低於該水平，則在至少3-5年內發生宮頸上皮瘤變CIN2/3級病變的可能性是非常低的。也就是說，罹患宮頸癌的風險是非常低的。若檢測結果為陽性， HC2 HPV DNA≥1.0pg/ml(5000copies/ml)，則應當每年定期進行HC2複查，若連續兩年檢測結果陽性，應諮詢醫生進行下一步檢查或治療，年齡大於30歲女性更應密切監測。宮頸癌手術後的病人監測HC2可預測病變惡化或手術後復發的風險。
三、PCR法
以PCR為基礎的檢測方法是目前認為較好的HPV DNA檢測及分型方法，主要分為基因擴增和產物分析兩部分。它能用於HPV定性及半定量檢測、DNA測序和基因突變分析。
1、PCR基因擴增
包括通用引物PCR(GP-PCR)、型特異性PCR(TS-PCR)和實時熒光定量PCR(RQ-PCR)等方法。
2、PCR產物分析
包括基因晶片(也稱DNA晶片)法、限制性片段長度多型性分析(RFLP)、測序法和雜交分析法等。基因晶片法可進行HPV分型及診斷混合感染，且具有通量大、高敏感性和特異性的特點，可用於大範圍篩查，更適於流行病學的調查和疫苗方面的研究。
男性檢測HPV也是有重要意義的，研究顯示有多個性伴侶的男性是高危型和低危型HPV的“運載工具”。男性感染高危型HPV主要是亞臨床感染。以往檢測男性HPV感染是通過陰莖灌洗液或精液檢測HPV DNA，但存在取材的困難、檢測手段的敏感性低、實驗程式複雜，缺乏正常對照等缺點。
目前臨床上對於HPV的檢測還沒有既能分型又能定量，既非常準確又價格便宜的方法，為了解決這個問題，一是根據不同的目的進行不同的檢測，一是傾向於聯合應用，例如，液基細胞學檢測(TCT)聯合細胞HC2檢測、或者基因晶片進行篩查後，進行HC2半定量檢測等。另外，性伴同時進行檢測，無論對HPV低危型引起的尖銳溼疣，還是HPV高危型引起的宮頸癌等疾病，都有重要意義。
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