HPV及相關疾病的治療方法較多，包括物理治療、化學藥物治療、生物學治療、手術治療及中醫藥治療等多種治療手段，但目前為止沒有一種方法是完美的，臨床實踐中需要在綜合治療和個體化治療之間找到一個很好的平衡。
一、物理治療
物理治療既有一定的殺滅病毒作用，又可破壞HPV感染的組織和賴以生存的環境條件，加速病毒的清除。目前常用的方法有：冷凍治療、熱療、鐳射治療、微波治療、光動力治療(PDT)等。
光動力治療(PDT)：是利用光啟用光敏劑後產生光化學效應選擇性殺傷病原微生物及被某些病原微生物感染的細胞。可通過破壞HPV感染的細胞有效清除疣體及宮頸上皮細胞中的高危型HPVDNA，安全有效。PDT後一般不會因造成嚴重組織損傷。
二、化學藥物治療
藥物治療使用比較方便，但需要治療時間較長，有些藥物臨床還在應用，有些藥物由於療效和毒副作用的關係，已經不在臨床常規使用、目前常用的治療藥物有：
1、咪喹莫特：是一種在臨床上應用較多、相對安全和有效的區域性免疫調節抗病毒製劑。
2、鬼臼毒素：是在臨床應用多年有一定效果的治療HPV相關病變和殺滅HPV的藥物。
3、三氯醋酸。通過腐蝕面板、黏膜破壞HPV賴以生存的組織，最終清除HPV。在臨床上早有相關的報道，它對陰道和肛門部位的較小和溼潤病灶效果較好。
4、從綠茶提取化合物:是從綠茶葉提取的植物藥，體外研究能夠影響HPV相關細胞株的生長、凋亡、細胞週期、基因表達。目前正在處於臨床驗證中，可能是很有希望的治療HPV相關疾病的藥物。
5、西多福韋。西多福韋是一種核苷類似物，臨床上用於治療鉅細胞病毒感染，在體外有抑制包括HPV在內的廣譜抗DNA病毒活性，有研究表明區域性應用能有效治療HPV相關病損及清除HPV，也是用於手術治療後清除病毒的輔助手段。曾經有人將西多福韋治療HPV6、11引起的複發性呼吸道乳頭狀瘤病或宮頸上皮內瘤有效，但其系統應用毒副作用較大，其是否能夠在治療HPV相關疾病中應用還尚待進一步明確。
三、生物學治療
1、干擾素的病灶內注射和系統注射或區域性霜劑塗抹，可直接破壞病灶表面吸附的及殘留的病毒，主要用於減少HPV相關病損在手術或物理治療後的復發。
2、治療性疫苗：國外已有多種治療性疫苗在臨床前研究取得良好結果，並在治療HPV。
3、相關病變的臨床研究階段亦顯示出很好的效果，但不太適用於存在明顯免疫缺陷的HPV感染者。
4、其他免疫調節劑如白介素-12、粒細胞-巨噬細胞集落刺激因子，轉移因子、免疫球蛋白，紅色諾卡氏菌細胞壁骨架製劑等非特異性免疫調節劑也有用於臨床治療尖銳溼疣和HPV感染的報道，但仍需要有足夠的循證醫學證據來進一步證實。
四、手術切除治療
傳統的手術不是直接消滅HPV，但通過切除包含HPV感染的病灶，以及術後的炎症反應和自身免疫功能的啟用，可使HPV轉陰率明顯升高，具有較好的效果。
五、中醫藥治療
研究報道較多的一些中草藥，如細辛、紫草、北豆根、龍膽、大青葉、敗醬草、薑黃素、餘甘子等的提取物體外有一定抑制HPV病毒的作用。目前市場有銷售一些中藥製劑，如派特靈等有比較肯定的治療尖銳溼疣作用。
目前在臨床上用於治療生殖道HPV感染的藥物和方法不少，但單一一種治療方法清除HPV及相關病變存在困難，聯合治療可能獲得理想效果。對待尖銳溼疣及其他HPV感染相關疾病的患者，根據患者疾病狀況，個體化的制定治療方案，採用適當的治療手段，是快速、徹底治癒HPV感染相關疾病的關鍵。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。