HPV在正常人群外陰、生殖道、肛門甚至口咽中都有一定的感染率，其感染主要表現為自限性。有報道美國女大學生子宮陰道中HPV感染率為43％，6個月後清除率為31％，8個月後清除率達到89％，說明機體可自發地清除HPV感染。
多數患者能在HPV感染後8～10個月內依靠自身免疫將其清除,但仍有10％～15％的患者持續感染,使宮頸上皮細胞發生不同程度的癌前病變,繼而發展為浸潤癌。
大部分HPV感染是暫時的，即一過性的，但當病毒或宿主的基因發生突變或宿主的防禦機制發生缺陷時，會導致HPV持續感染，這種持續性或者反覆性的HPV(特別是高危型)感染使得發生宮頸癌的危險性增加。
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