結腸鏡檢查時間平均為15分鐘，有時因人而異，或大腸有異常情況，檢查時間可能稍微久一點。另外腸道準備也需時間。
為了能安全、準確地完成腸鏡的檢查工作，結腸鏡前需完成清潔結腸。如在充滿排洩物的腸子裡操作結腸鏡，容易造成不必要的損傷，或因糞便阻擋腸腔，使內鏡醫生無法正確用力；也會因排洩物阻擋而必須把它沖洗乾淨方可繼續完成檢查，耽誤檢查時間。腸鏡前清潔不夠，檢查時費時又費力，且不安全。
一般來說，檢查前2-3天吃少渣半流質飲食，如稀飯，不吃多纖維的蔬菜、水果，禁吃紅色或多籽的食物，如西瓜、西紅柿等。檢查前1天，吃無渣的流質食物，如米湯，不喝牛奶。檢查當天上午檢查的禁食早餐，下午檢查的早餐流質、午餐禁食。腸鏡檢查前4-6小時服用瀉藥，排出無色稀水樣便方可完成腸道準備。
腸鏡分普通腸鏡與無痛腸鏡。無痛腸鏡檢查是在全麻下進行的腸鏡檢查，在醫生幫助下迅速進入睡眠狀態，而不感受到結腸鏡檢查所帶來的脹痛感。雖說無痛腸鏡能減少痛楚，但檢查的過程中也無法對醫生的操作給予任何反饋，因此無痛結腸鏡操作風險相對普通腸鏡檢查略高，費用亦相對較高。
檢查方式的選擇與檢查時長同樣是因人而異，患者可結合自身耐受情況及基礎疾病進行合適的選擇。
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