對於大多數急性膽囊炎患者都需要應用抗生素行抗感染治療，根據病情的輕重程度不同，選擇的治療方案也不盡相同。
對於輕度急性膽囊炎患者通常為單一腸道的致病菌感染，如大腸埃希菌等，因此可以口服單一的抗生素進行治療。推薦應用口服喹諾酮類，代表藥物有左氧氟沙星、環丙沙星。口服頭孢菌素類，代表藥物有頭孢替安、頭孢卡品。第一代頭孢菌素類，代表藥物有頭孢唑林。廣譜青黴素/β-內醯胺酶抑制劑，代表藥物有氨苄西林/舒巴坦。
對於中度急性膽囊炎患者，廣譜青黴素、第二代頭孢菌素都可以作為患者首選經驗性用藥，同時應靜脈給藥。具體藥物推薦含β-內醯胺酶抑制劑的複合製劑，如哌拉西林/他唑巴坦，氨苄西林/舒巴坦。第二代頭孢菌素，如頭孢美唑、頭孢替安、氧氟頭孢。當懷疑或證實存在厭氧菌感染時，上述藥物之一加甲硝唑。
對於重度急性膽囊炎患者，因為其經常為多重耐藥菌感染，故首選廣譜的第三代和第四代頭孢菌素類，如頭孢哌酮/舒巴坦、頭孢曲松、頭孢他啶、頭孢唑蘭。β-內醯胺類，如氨曲南。當懷疑或證實存在厭氧菌感染時，上述藥物之一加甲硝唑。如果首選用藥無效，則應用氟喹諾酮類，如氧氟沙星、環丙沙星，加上甲硝唑（當存在厭氧菌感染或共同感染時），以及碳青黴烯類，如美羅培南、亞胺培南/西司他丁。需要注意的是不恰當或過度使用第三代和第四代頭孢菌素和碳青黴烯類會導致耐藥菌的出現。
為患者選擇合適的抗生素後，應根據其型別制定合適的劑量和用藥時間。急性膽囊炎抗菌治療3-5天后，如果急性感染症狀、體徵消失，體溫和白細胞計數正常，可以考慮停藥。
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