一、細菌類的成因包括：最常見的是食物受細菌感染，再煮熟或半熟的食物，特別容易染有細菌。蒼蠅和不合衛生的烹煮器皿。在室溫下存放食物，很可能受到嚴重的細菌汙染。雪櫃應在四度之下，熱櫃應在六十度以上，可令細菌停止生長繁殖（其實未死的）。葡萄球菌和沙門桿菌通常來自處理食品的人員。尤其是含有奶類食品、經加工的肉類、魚生壽司等。
1、葡萄球菌、大腸桿菌及沙門桿菌是最常見的病菌。
2、汙染的禽類、肉類及魚類中，常可發現彎曲桿菌。這種細菌常會引起腹瀉和劇烈的腹痛。
3、大腸桿菌有很多種，大多無害，但有幾種可引起初生嬰兒的急性胃腸炎，這種感染常在育嬰室中蔓延。這和奶樽消毒程式有關。
二、病毒感染往往也可引致腸胃炎及腸炎。輪形病毒是引起兒童腹瀉的最常見病原體。除此之外，可引致腸胃炎的病毒還有腺病毒、腸病毒、手足口病毒等等，這種感染可在兩天之內發病。
三、有些植物在生長過程中所產生的毒素，也可以引致腸胃炎，如紫杉、青性的茄屬植物、牽牛花及七葉樹屬植物等，都含毒素，而馬鈴薯塊莖所生的嫩芽，也是有毒的。
四、有毒的化學品，如砷、鉛及各種殺蟲劑等。若服下這些化學品，在數小時內即可發病。
五、阿米巴病、梨形鞭毛蟲病等疾病，也可以引起腸胃炎的症狀。
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