益生菌寶寶吃多了就會讓大便變稀，原因是迅速增加的、過多的菌來不及被腸道利用，所以這些過多的菌會以稀便形式排出來，減量或停吃就好了。
但是，如果寶寶吃益生菌之前是個非正常的狀態，那麼本身進食益生菌過多就會增加腸道的敗解，產生過多的水分，這並不是異常的問題，是正常現象。
如果寶寶本身就有腹瀉，吃了益生菌以後可以調整寶寶的腸道功能，並不會給寶寶止瀉，家長不要認為益生菌有止瀉的作用。
如果寶寶腸道本身就有問題，比如過敏，那麼吃了益生菌後雖然在調整腸道的菌群，但仍是會有腹瀉的現象，家長一定要知道益生菌的作用是什麼。益生菌進入腸道後，可以替換和補充那些腸道固有的菌群，同時會敗解纖維素產生水和氣，並沒有立即止瀉的作用。
研究表明80%以上的人在服用益生菌時不會出現明顯的副反應，可能只是偶爾肚子有些咕嚕響聲，產氣比平常稍多一點而已。然而對於一些腸道菌群已經失調或者嚴重失調的人來講，在服用益生菌初期可能會出現便祕或腹瀉加重等假象。這其實是益生菌與腸道內的有害菌群在激烈“戰鬥”，此時有益菌和有害菌雙方都有犧牲。要想消滅有害菌，就需要繼續使用益生菌，這就相當於在戰爭中不斷補充“援軍”。經過一段時間後，益生菌會逐漸佔領上風。此時外來益生菌與腸道內本身的有益菌協同作用維護腸道健康。所以這時候人體會開始感到狀況的改善。
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