嬰兒吃益生菌的最佳時間是早上，建議早餐前或同餐服用。
早上在空腹的狀態下胃酸較低，有利於益生菌順利到達腸道定植，幫助恢復消化功能，建立正常腸道菌群。益生菌雖然不是藥品但是補充益生菌可以治療小兒腹瀉病，包括消化不良、腸炎、痢疾等。嬰兒身體正常的情況下可以不補充益生菌，長期補充可能造成腸道功能紊亂。益生菌最佳生長溫度是37℃，因此服用水溫應在40℃以下，否則水溫過低或過高均可導致益生菌存活率低，而無法達到應有的效果。每個嬰兒體質有個體差異，使用益生菌時建議在醫生指導補充需要的益生菌。
此外，益生菌需要冷藏儲存，如果同時使用抗生素，一般建議服用益生菌的時間應該與服用抗生素的時間間隔2小時。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。