缺乏足夠多的乳糖酶是導致寶寶乳糖不耐受的真正原因，所以原則上只要補充乳糖酶問題就可以得到解決。乳糖不耐受不是一種病，只是消化系統沒法消化乳糖，可以適當新增乳糖酶，並通過注意飲食來預防這種狀況的發生，減輕這種症狀，可以吃乳糖酶和無乳糖的奶粉。
正確的做法，是在寶寶喝奶時在奶液中滴加乳糖酶，彌補寶寶體內缺乏的乳糖酶，幫助預先分解原先無法在小腸消化和吸收的乳糖。在不損失乳品營養成分的同時，避免寶寶出現乳糖不耐受的症狀。
乳糖不耐受的患兒如果大便次數不多且不影響生長髮育，無需特殊治療。若腹瀉次數多，體重增加緩慢則需飲食調整。有些腹瀉患兒可以引發一過性乳糖不耐受，如果急性期伴脫水時則應首先靜脈或口服補充液體以糾正脫水。可先用無乳糖配方乳（包括以牛乳為基礎或以大豆為基礎的無乳糖配方乳），待腹瀉停止後再根據患兒的耐受情況，逐漸增加母乳餵哺次數，改用母乳和無乳糖配方乳混合餵養。
替代總的原則是不降低患兒的營養需要，待其可以增加輔食，減少母乳或牛乳後腹瀉會逐漸停止，預後良好。
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