人流和藥流對身體都會有一定的傷害，藥流相對來說副作用和風險稍微小一點。
人流可能術中會大出血、子宮穿孔，術後宮腔粘連、月經推後、月經過少甚至閉經，術後繼發性不孕，術後感染導致盆腔炎、宮頸炎、子宮內膜炎等影響以後的懷孕或者導致宮外孕等，人流不全有些需要再次清宮的可能。
而藥流的藥物有些會對肝功能有一定影響，服藥過程中會有噁心嘔吐、腹痛等反應，有些藥流過程中孕囊組織堵塞於宮頸口有可能引起大出血，藥流時出血時間長，藥流後有些女性也會表現為月經量少，而且不是所有的人可以藥流成功，有些藥流不全最終需要行清宮術等。
總之，人流和藥流各有優缺點，如果沒有肝腎功能異常，無糖尿病，無內分泌問題，不是帶環受孕，無哮喘史，停經是在49天內，孕囊大小在2釐米內，可以先選擇藥物流產，畢竟很大一部分女性是可以藥流成功的，避免了手術的一些風險和併發症，如果藥流不成功再給予清宮，這樣對身體的傷害相對於直接行人流術要小一些。
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