牙齒根部發黑通常有兩種原因：一種是牙根部軟組織原因，一種是牙根部硬組織原因。
牙根部軟組織原因主要是軟組織色素沉著斑，有少數正常人牙根部軟組織表面可以見到有彌散的雲霧狀的黑色素的沉積，是口腔黏膜中黑色素產生過多或來自血紅蛋白的各種色素異常等原因引起；這種色素沉著因人而異，沒有病理意義，無需治療。牙根硬組織原因又分為外在的著色和細菌感染引起：少量食物殘渣沉積在牙齒凹陷處形成軟垢，由於牙齒表面存在各種細菌，它們分泌黏性物質附著在軟垢上中，並代謝糖分產生乳酸腐蝕牙釉質表面，久而久之會形成黃色或黑色的牙菌斑，牙結石，使牙齒根部發黑，喜歡喝茶葉，抽菸，喝咖啡的人們也會在牙齒的根部形成黑色素沉著，稱為茶垢、煙漬等使牙齒根部發黑；另一種情況是老年患者由於牙齦萎縮，牙根部暴露，在牙根部表面繼發細菌感染形成根面齲，造成的牙根發黑，是齲齒的一種。
任何原因下的牙根發黑都建議及時診斷對症治療，避免引起併發症，造成嚴重後果。
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