手足口病疫苗有效期不能一概而論，可能在2年以上。
手足口病主要由腸道病毒71型、柯薩奇病毒A16型引起，還可由其他多種腸道病毒引起。目前我國只有針對腸道病毒71型的疫苗，其有效期暫無確切資料。有研究顯示，接種2年以後，機體內的抗體仍有較高的濃度，所以推算其有效期可達2-3年。接種手足口病疫苗之後，雖可有效降低手足口病發病率，但是該疫苗只對預防腸道病毒71型引起的手足口病有效，因此接種疫苗之後並非一勞永逸，仍有患病的可能，在手足口病流行期間仍需做好防護，引導兒童勤洗手。
手足口病主要發生在5歲以下的兒童，接種時間為6月齡-36月齡之間，需接種兩針，兩針間隔1個月，越早接種越好，建議在12月齡之內完成接種。
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