肉毒毒素就像洋地黃、阿托品及紫杉醇等天然物質，儘管人們首先認識到的是它們的毒理特性，但隨著認識的深入目前已成為不可或缺的常規藥物。最早有關肉毒毒素的記載是過期食物產生的肉毒毒素引起食物中毒。18世紀早期，德國醫生Kerner發表了對食源性肉毒毒素中毒臨床症狀的第一次準確和完整的描述。18世紀晚期，比利時微生物學家vanErmengem教授，首次從食物和食物中毒者中分離出了致病菌——梭狀肉毒桿菌。
20世紀70年代，舊金山Smith-Kettlewell眼科研究中心的眼科醫生AlanScott的研究方向為斜視患者的非手術療法，他堅信可以通過一種化學物質來削弱眼外肌牽拉眼球的力量，從而達到肌肉切除相同的作用。在經過一系列動物實驗與臨床研究後，AlanScott醫生最終獲得美國食品和藥品管理局（FDA）批准，開始將A型肉毒毒素用於治療人類斜視和眼瞼痙攣。
將A型肉毒毒素用於整形美容領域可以追溯到20世紀80年代，眼科醫生JeanCarruthers注意到在治療眼瞼痙攣時會對眉部產生意想不到的作用：明顯改善了眉間皺紋，使表情看起來平靜自然。Allergan首先開展了一項將肉毒毒素用於治療眉間皺紋的研究專案，最終在世界範圍內都批准了這個適應證。
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