在乳牙期(3～5歲)和替牙期(6～11歲)，一般的錯合畸形如個別牙齒錯位不需要立即矯治，應當繼續觀察和糾正口腔不良習慣，因為在這個時期，牙頜正處於調整時期，隨著不良習慣的糾正，錯頜畸形常可以部分自行糾正，但是，對於嚴重妨礙生長髮育的錯頜畸形，則需要進行一期的矯治，如乳牙反頜，會妨礙上頜骨的發育，影響面部的外形，應當及早治療。
如果孩子能配合，在3～5歲都可矯治。又如嚴重下頜後縮，在替牙期(7～10歲)就可進行早期矯治，以阻斷其向嚴重發展， 也為以後繼續矯治減小難度。
大多數的錯頜畸形要等到牙齒替換完的恆牙期，大約12～14歲才進行矯治。因為這時恆牙牙根逐漸發育完成，上下牙齒間的咬合關係也調整完成，可以對錯頜畸形的型別做出明確診斷，並採取相應的矯治方法。矯治完成後容易保持穩定的效果，不會再有大的變化。
從理論上講，兒童矯治錯頜畸形的最佳年齡是在兒童的生長髮育高峰期。男孩在12～14歲，女孩在11～13歲。但是每個兒童的生長髮育又有個體差異，不能一概而論。正確的方法是通過一定的檢測手段來估計生長髮育的高峰期。如拍手腕X線片、連續測量身高、瞭解女性的月經初潮、留心兒童的鞋襪衣帽等。在這個時期進行矯治，療程短，效果好。
如果錯過恆牙初期，如到了15～17歲，仍處於青少年期，生長髮育仍然比較活躍，雖然難度略有增加，但矯治效果也比較好。
如果到了18歲以後，進入成人期，生長髮育基本完成，矯治速度效果就不如兒童期和青少年期，但是現代矯正技術的發展使成人正畸也不是障礙了。對於嚴重的骨性錯頜畸形，不能單純用正畸的方法來完成矯治，必須等到18歲以後的成人期配合外科手術來進行治療。
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