有研究認為，淋病與男性不育最為相關。發生機制包括生殖器官病變和生殖道病變，如淋病引起的睪丸炎和附睪炎，或者淋病引起的男性尿道炎、精囊腺炎、輸精管炎、前列腺炎及晚期發生的尿道狹窄等所引起的生殖道狹窄和閉鎖均可繼發不育症。而女性淋病的主要併發症為淋菌性盆腔炎，其中輸卵管的慢性炎症可引起輸卵管粘連、堵塞、積液等，常造成不育或宮外孕。淋球菌感染次數越多，不育不育的發病率越高。此外，淋病還可以危及下一代。如果孕婦感染了淋病，少數可引起羊膜腔內感染或產後敗血症等，胎兒在子宮內可發生感染或發育受損，導致早產、死產或新生兒敗血症、新生兒淋菌性結膜炎等。
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