部分病人單次清甲治療不能將殘留甲狀腺完全清除。多見於清甲治療前殘留甲狀腺組織較多，或殘留甲狀腺組織和DTC病灶攝取131I不充分（多因體記憶體在較大量的穩定碘），或清甲所用131I劑量不足，或對131I輻射敏感性低等。清甲治療4-6個月以後，可進行清甲是否完全的評估。如TSH刺激後的Dx-WBS影象中無甲狀腺組織顯影，甲狀腺吸131I率<1％，提示131I清甲完全。血清Tg檢測和甲狀腺超聲檢查也可協助判別清甲是否完全。
首次清甲後仍有殘留甲狀腺組織者，為達到完全清甲的治療目標，可進行再次清甲治療。再次清甲的131I劑量確定原則與首次治療相同。但也有研究者認為：若此類患者首次清甲後Rx-WBS未見甲狀腺外異常131I攝取，動態監測血清Tg持續<1ng/mL，並且頸部超聲無明顯異常，則無需進行再次清甲。
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