治療劑量的131I對DTC病灶、殘留甲狀腺組織、鄰近組織和其他可攝碘的正常組織器官形成直接輻射損傷，導致不同程度的放射性炎症反應。清甲治療後短期（1-15天）內常見的副作用包括：乏力、頸部腫脹和咽部不適、口乾甚至唾液腺腫痛、味覺改變、鼻淚管阻塞、上腹部不適甚至噁心、泌尿道損傷等。上述症狀多出現於清甲治療1-5天內，常自行緩解，無需特殊處置。有研究顯示在131I治療期採用服用酸性糖果、嚼無糖口香糖、按摩唾液腺或補液等措施，可減輕唾液腺的輻射損傷。但近期一項前瞻性、隨機、雙盲、對照研究報道：使用131I後不同時間含服維生素C未明顯改變唾液腺的輻射吸收劑量。大量飲水、多排尿和服用緩瀉劑等措施可有助於減輕腹腔和盆腔的輻射損傷，但需注意引發電解質紊亂的可能性。
合併其他慢性疾病和/或高齡DTC患者，持續甲減加上清甲後131I的損傷，基礎疾病病情可能在短期內加重，需密切觀察、及時處理。另外，清甲治療後短期內患者可能出現一些心理方面的改變，如無聊感、焦慮、失眠、恐懼等，這並非131I的直接損傷，而是源於治療實施過程的一些因素（如輻射防護隔離、甲減逐漸加重和其他疾病影響等）。
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