浸潤性乳腺癌術後應用化學藥物輔助治療，可以改善生存率。乳腺癌是實體瘤中應用化療最有效的腫瘤之一，化療在整個治療中佔有重要地位。由於手術儘量去除了腫瘤負荷，殘存的腫瘤細胞易被化學抗癌藥物殺滅。一般認為輔助化療應予術後早期應用，聯合化療的效果優於單藥化療，輔助化療應達到一定劑量，治療期不宜過長，以6個月左右為宜，能達到殺滅亞臨床型轉移灶的目的。
浸潤性乳腺癌伴腋淋巴結轉移者是應用輔助化療的指徵。對腋淋巴結陰性者是否應用輔助化療尚有不同意見。有人認為除原位癌及微小癌（<1cm）外均用輔助化療。一般認為腋淋巴結陰性而有高危復發因素者，諸如原發腫瘤直徑大於2cm，組織學分類差，雌、孕激素受體陰性，癌基因HER2有過度表達者，適宜應用術後輔助化療。
常用的有CMF方案
根據病情可在術後儘早（1周內）開始用藥。劑量為環磷醯胺400mg/m'，甲氨蝶呤20mg/m2，氟尿嘧啶400mg/m2，均為靜脈注射，在第1及第8天各用1次，為1療程，每4周重複，6個療程結束。因單藥應用阿黴素的效果優於其他抗癌藥，所以對腫瘤分化差、分期晚的病例可應用CAF方案（環磷酞胺、阿黴素、氟尿嘧啶）。環磷酞胺400mg/m2，靜脈注射，第1，8天；阿黴素40mg/m2，靜脈注射，第1天；氟尿嘧啶400mg/m2，靜脈注射第1、8天，每28天重複給藥，共8個療程。化療前病人應無明顯骨髓抑制，白細胞>4×109/L，血紅蛋白>80g/L，血小板>50×109/L。化療期間應定期檢查肝、腎功能，每次化療前要查白細胞計數，如白細胞<3×109/L，應延長用藥間隔時間。應用阿黴素者要注意心臟毒性。
術前化療目前多用於III期病例，可探測腫瘤對藥物的敏感性，並使腫瘤縮小，減輕與周圍組織的粘連。藥物可採用CMF或CAF方案，一般用1-2療程。表阿黴素的心臟毒性和骨髓抑制作用較阿黴素低，因而其應用更較廣泛。其他效果較好的有長春瑞賓、紫杉醇、多西紫杉醇等。
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