肥胖孩子容易遭遇性發育異常的危險，如性發育提前、性發育延遲、性發育紊亂等問題。
1、性發育延遲
許多肥胖男孩常伴有青春期性發育遲緩。一項研究發現，男性肥胖兒童中性發育異常者高達80％，“小胖墩”不僅是皮下脂肪堆積，而且他們的內臟器官也在不斷的脂肪化，垂體的脂肪化會使促性腺激素的分泌減少，影響雄性激素的分泌和釋放，致使血中雄激素與雌激素的比例失調，泌乳素增高，內分泌紊亂而導致睪丸發育不良、陰莖海綿體發育不良，出現陰莖短小;肥胖男孩女性化：鬍鬚少甚至沒有，腋毛稀疏，喉結不明顯，臉色成灰白色、面板細膩、臀部豐滿、雙側乳房發育等;患兒下腹部及恥骨聯合處脂肪堆積覆蓋外生殖器，導致陰莖呈隱匿型，並影響陰莖及陰囊的發育。如不及時治療，發展下去會造成不可逆的損害，致成年後性腺發育不良、性功能障礙甚至不育。也有人認為，從小肥胖，睪丸間質被脂肪細胞浸潤，從而影響間質細胞生產雄性激素的功能。有關專家提醒為人父母，必須使孩子從小避免過度肥胖。
2、性發育提前
與性發育延遲相對應的是，一些肥胖的孩子遭遇的是恰恰相反的性發育提前的問題。肥胖兒一般多有超重、身高增長加速和骨齡提前發育的現象，肥胖兒的性發育提前，可能與腎上腺皮質功能的提前發育有關。
如肥胖女孩月經初潮比非肥胖兒要早，正常的孩子10歲後開始乳房發育，男孩子12歲後開始睪丸增大，以後逐漸完成性腺和第二性徵的發育。很多肥胖女孩乳房發育、體態發育提前，有的8歲前就出現了乳房發育，9歲前就出現首次月經的也較為多見。肥胖的男孩子很多都會出現喉結、鬍鬚、變聲期提前的情況，部分孩子在12到13歲或是更早就出現首次遺精。部分肥胖女性還會伴有卵巢功能異常，如月經不規律、月經過少或閉經、多毛，成年後還會因此導致不孕症。
因為雌激素的過多分泌，使月經初潮提前，但同時影響卵巢功能，出現卵泡發育障礙，排卵障礙，卵子發育不良等。而以後則會出現雌激素分泌量下降，導致女性提前閉經，更年期提前出現，出現早衰。還有就是，由於肥胖兒童的雌性激素過量分泌，男孩呈現女性化發育，骨骺一般會提前閉合，導致青春期縮短，身高比同齡人矮。
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