當甲狀腺無法制造足量的甲狀腺激素供給身體所需時，即稱為甲狀腺功能減退。造成甲狀腺功能減退的主要原因有甲狀腺切除、放射碘治療的後遺症、甲狀腺炎造成的甲狀腺破壞、先天性甲狀腺缺如、異位甲狀腺等。
甲狀腺功能減退的症狀與甲狀腺功能亢進剛好相反，主要造成身體的新陳代謝率降低，一切細胞活動都遲緩下來，病人會表現出食慾不振、怕冷、面板幹而粗糙、頭髮脆弱、疲倦、便祕，甚至肌肉無力、聲音低沉沙啞等。體檢可發現脈搏變慢、眼瞼水腫、面色蒼白、面板稍黃、記憶力減退等。
臨床上治療甲狀腺功能減退主要使用人工合成的甲狀腺激素(如優甲樂、甲狀腺素片等)，它一般不會造成副作用，也很少引起過敏反應，劑量因人而異。服藥期間需定期驗血，以監測藥物是否足量。由於甲狀腺功能減退往往是由不可逆或永久性的損害所造成的，所以多數甲狀腺功能減退的病人需要終生服用甲狀腺激素治療而不能任意停藥，尤其在懷孕期間，此時母親對甲狀腺的需求增加，若補充不足，會影響胎兒生長。
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