甲狀腺功能減退在生育年齡婦女的發病率為0.1～1％。在不孕症患者中不明原因不孕和無排卵性不孕患者有5～6％存在甲狀腺功能減退，而在輸卵管因素和男方因素導致不孕的患者中甲狀腺功能減退的患者佔2％。
甲狀腺功能減退會導致受精失敗。會引起妊娠併發症，諸如胚胎停育，生長受限等。甲狀腺功能減退還會影響兒童的神經系統發育。
與自然妊娠相比，試管嬰兒治療需要促排卵治療，產生超生理量的雌激素，導致甲狀腺結合蛋白大量產生，從而減低有生理活性的遊離甲狀腺素濃度，會導致甲狀腺功能減退的進一步加重。因此對做試管嬰兒的不孕症患者要重視甲狀腺功能的評價。
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