慢性乙型肝炎(以下簡稱乙肝)治療的首要任務是抑制病毒，但抗病毒治療的療程長以及高花費讓相當多的乙肝患者顧慮重重。因此，選擇合適的抗病毒治療時機，尤為重要。
那麼，乙型肝炎病毒感染後，選擇什麼樣的時機作抗病毒治療最合適呢?才能達到有效而持久的病毒抑制從而延緩和阻斷疾病的進展呢?實際上並非所有的乙肝患者都需要抗病毒治療。
HBsAg陽性者，無論HBV DNA高低，如轉氨酶等肝功能正常，而肝組織學檢查未發現明顯的炎症壞死，那麼這部分患者並不需要作抗病毒治療。
此時盲目使用抗病毒藥，增加患者濟負擔卻未必能取得所期待的抑制病毒的療效。反之，如果乙肝患者出現了轉氨酶升高，或者肝組織學提示肝臟炎症壞死和纖維化的病變，則可考慮選擇合適的藥物開始抗病毒治療。 在一些HBV-DNA陽性的特殊人群中，即使達不到上述治療標準，亦應考慮給予抗病毒治療。
例如年齡大於40歲的乙肝患者，ALT大於正常上限即可考慮抗病毒治療；而40歲以上ALT持續正常的應密切隨訪，最好進行肝活組織檢查，如果肝組織學顯示中度以上的炎性壞死或纖維化，應積極給予抗病毒治療。
另動態觀察發現有疾病進展的證據(如脾臟增大)者，建議行肝組織學檢查，必要時給予抗病毒治療。可見，抗病毒治療的時機選擇與抗病毒藥物的選擇一樣既有共性也有個體差異。
值得注意的是，乙肝患者首次出現ALT水平2倍於正常值上限時，機體可能正經歷一次活躍的清除病毒行動，有機會通過自身免疫系統使乙肝病毒長期抑制；因此，如果沒有肝硬化背景和肝衰竭趨勢，密切的動態監測肝功能和HBV DNA的變化，暫緩抗病毒藥物的使用是可行的。一旦ALT反覆升高斯正常值上限達3個月以上時，抗病毒治療則勢在必行。
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