從某種意義上講，慢性乙型肝炎目前還是一種不可治癒的疾病。至今為止，還沒有任何一種藥物或治療方法能夠很有把握的實現乙肝表面抗原的陰轉或血清轉換（HBsAg→HBsAb,在很大程度上意味著病毒的徹底清除）。當然有部分患者經過積極地抗病毒治療可以實現上述目標，這其中包括很小一部分年輕的e 抗原陽性（通常所說的大三陽）慢乙肝患者，也包括極少數年齡相對偏大的e抗原陰性（小三陽）慢乙肝患者；還有一部分病人在經歷了漫長的疾病程序，甚至於病情已經發展到肝硬化、肝癌階段，自發的實現了表面抗原的陰轉或血清轉換（HBsAg→HBsAb）,但此時病情已接近或達到終末期，患者從病毒清除中所獲得的收益已經微乎其微。因此，積極地抗病毒治療，盡最大努力從疾病早期開始有效地抑制乙肝病毒複製比徹底清除病毒具有更加現實的意義。
乙肝病毒是慢乙肝發病的根源，抗病毒是慢乙肝治療的基礎，在此基礎上再結合適當的免疫調節，抗炎、保肝，抗纖維化藥物治療可以將慢乙肝阻止在肝硬化階段之前並防止肝癌和肝功能衰竭的發生。不同的患者因諸多條件的不同對抗病毒治療反應也不同，所以能夠實現的抗病毒治療的目標也會有所差異。目前，國際上將抗病毒治療的終點確定為三個層次。
第一個層次是理想的治療終點：不論e 抗原陽性還是e抗原陰性慢乙肝患者，HBsAg的消失或血清轉換（伴或不伴HBsAb的出現），意味著理想目標的實現。如果能達此終點，就可以使生化指標（主要是肝功）持久復常、炎症壞死減輕或消失，纖維化進展停止甚至逆轉。肝硬化和肝癌的發生率也明顯的降低。
第二個層次是滿意的治療終點：e 抗原陽性的慢乙肝患者實現HBeAg的血清轉換（HBeAg→HBeAb）。抗病毒治療可以加快和促進HBeAg的血清轉換的實現，血清轉換的發生可以持久的降低HBVDNA水平，減輕肝臟的炎症和纖維化，減少和阻止肝硬化的發生，大大的改善患者的預後。實現這一目標的年齡對病情的發展至關重要，國內外已有的循證醫學證據表明40歲以前實現這一目標更有助於改善預後。
第三個層次是基本的治療終點：對於未能實現血清轉換的HBeAg陽性患者和HBeAg陰性患者，採用核苷（酸）類似物長期治療，保持HBVDNA始終在不可檢測水平即為基本的治療終點。血清中HBVDNA水平是肝癌和肝硬化發生的重要預測因素，如果將HBVDNA水平控制在104copies/ml以內就可以顯著改善患者的預後。
三個不同層次的終點要求的目標不同，實現的難易程度不同，但三者有一個共同點就是通過最大限度的抑制乙肝病毒的複製實現慢性乙型肝炎的長治久安。有人將三個終點作了精闢、生動的總結：基本的治療終點不太滿意（需要長期甚至終身的抗病毒治療）；滿意的治療終點不太理想（HBeAg血清轉換後有可能重新轉陽，也可以發生病毒變異轉化為HBeAg陰性的慢乙肝）；理想的治療終點很難實現（能實現HBsAg的消失和轉換的患者畢竟是少數）。但是對於多數的患者來說，選擇適當的時機和合適的藥物，採取積極地態度進行抗病毒治療無論達到哪一個層次的治療終點總會得大於失、利大於弊。實際上對慢乙肝患者來說最好的終點就是通過適當的治療和監測實現有尊嚴、有質量、有價值、無期限的生活。
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