胃腸道作為人體排洩器官之一，亦是機體代謝產物及毒素排出體外的重要通道。正常人每日攝入蛋白質後，其代謝產物及毒素75％從腎臟排洩，25％由腸道排出。在慢性腎衰竭時，腸道毒素的排出量從佔正常總量的25％上升至80％，特別是血肌酐，尿素氮分泌至腸腔內的含量明顯增高，此為中藥結腸灌腸治療該病提供了理論依據。
中藥結腸灌腸利用結腸的生理學特性，用人體自身的腸壁作為透析膜，模仿腹膜透析的原理而設計，通過彌散和滲透作用達到排除體內蓄積的代謝廢物，糾正電解質平衡紊亂，排除體內過剩的水分，改善病人的內環境紊亂，減少肺部和心血管併發症的治療目的。胃腸黏膜具有半透膜特性，有選擇性的吸收和排洩功能。腸道給藥既可刺激腸道黏膜，增加毛細血管通透性，使體內氮質等毒物隨腸道分泌排出體外;又可加速食物殘渣的排洩，抑制腸道菌群的生長，從而減少腸腔內蛋白分解，使腸源性氮質減少。所以結腸灌腸尤其適合於早中期腎衰竭患者。中藥結腸灌腸還可通過肺與大腸相表裡，肺主氣、朝百脈之功能，有輸布精微等物質以濡養五臟六腑、四肢百骸的作用，將藥液隨氣血散佈全身，發揮整體的治療作用。
結腸灌腸療法，不僅融合了現代醫學先進療法的長處，更發揮了中醫中藥全身性調節與治療作用，改變了傳統中藥保留灌腸療法可透析面積小且吸收能力差的不足，對延緩慢性腎衰竭的進展具有重要意義。既往臨床治療觀察也證實了中西醫結合配合中藥結腸灌腸療法治療慢性腎衰竭具有較好的臨床療效，明顯改善了血清肌酐、尿素氮的水平，並在一定程度上提高了內生肌酐清除率，延緩了腎功能的進一步惡化，為病人解除痛苦，是治療慢性腎衰竭的有效方法。
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