首先，要建立良好的飲食起居習慣和排便習慣。很多肛腸疾病特別是痔，是由於排便習慣不好而至，大便次數過多造成肛門機械性損傷而發生痔、肛裂等疾病;經常吃一些辛辣肥膩之品導致體內溼熱蓄積，易發生肛周膿腫、肛管炎、肛竇炎等疾病。如果飲食習慣和排便習慣良好就能有效防治這些疾病發生。
病從口入，嚴把飲食衛生關，防止腹瀉，也能有效降低肛裂、血栓痔、肛門溼疹等疾病的發生率。而良好的排便習慣必須建立在良好的飲食起居習慣基礎上，我們在儘量保持科學合理的膳食結構的同時，適當多吃些芹菜、韭菜等含高纖維的食物、多飲水，必要時搭配一些有利於潤腸通便的食物，如蜂蜜、香蕉、芝麻等，還可以搭配一些玉米、山芋等粗糧雜糧，可以有效的防止便祕的發生，如果飲食效果調理不理想，還可以配合一些潤腸通便的藥物來保持大便通暢。
其次，要保持肛門周圍區域性清潔衛生。很多肛腸疾病與肛門清潔有關，肛門部位便後會有多種致病細菌隱藏在肛周面板和肛管面板皺褶中，如不及時清潔，會造成感染，繼發肛裂、肛周膿腫、肛竇炎、肛管炎、肛門溼疹等疾病。我們最好養成定時排便習慣，便後及時清洗，如能做到每天定時用溫水坐浴，配合手指按摩肛門，促進肛門周圍的血液迴圈，適當的再做一些提肛鍛鍊，則可大大減少痔瘡、肛裂、肛瘻等疾病的發生。
對於一些病史較長的肛門疾病患者，專科手術治療不失為一種較好的治療方法;它不僅能一次性徹底解決保守治療難以解決的問題，關鍵是在解決肛門直腸疾病的同時，專科醫生所進行肛腸手術大多會對肛門功能做最大限度的保留和修復。比如肛裂手術，專科醫生在切除肛裂組織的同時，會根據患者不同程度的肛門痙攣、狹窄作相應的肛門括約功能、肛管彈性、肛門口徑都會比術前有較大的改善，而這一點恰恰是患者以後防止肛門直腸其他疾病發生的一個重要環節。
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