肝癌的治療仍以手術切除為首選，早期切除是提高生存率的關鍵，腫瘤越小，五年生存率越高。
手術適應證為：診斷明確，估計病變侷限於一葉或半肝者;無明顯黃疸、腹水或遠處轉移者;肝功能代償尚好，凝血酶時間不低於50％者;心、肝、腎功能耐受者。在肝功能正常者肝切除量不超過70％;中度肝硬化者不超過50％，或僅能作左半肝切除;嚴重肝硬化者不能作肝葉切除。手術和病理證實約80％以上肝癌合併肝硬化，公認以區域性切除代替規則性肝葉切除無期效果相同，而術後肝功能紊亂減輕，手術死亡率亦降低。
由於根治切除仍有相當高的複發率，故術後宜定期複查AFP及超聲顯象以監察復發。由於根治切除術後隨訪密切，故常檢測到“亞臨床期”復發的小肝癌，乃以再手術為首選，第二次手術後五年生存率仍可達38.7％。
肝移植術雖不失為治療肝癌的一種方法，國外報道較多，但在治療肝癌中的地位長期未得到證實，術後長期免疫抑制劑的應用，病人常死於復發。對發展中國家而方，由於供體來源及費問題近年仍難以推廣。
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