1、微創治療 胃腸道息肉的處理原則是發現息肉即行摘除，治療方案的選擇依其所在部位，有無蒂，大小及惡性潛在性而定。微創治療主要是內鏡下高頻電凝息肉切除術，或鐳射或微波切除術。術前禁食或行腸道清潔準備，在凝血機制無障礙的情況下進行切除，術後進食少許流汁或禁食1～3天，限制活動量，靜脈給予止血(如酚磺乙胺3.0g/d)、抗炎(針對革蘭陽性菌的抗生素)、保護腸黏膜(雙八面體蒙脫石等)治療，密切觀察大便顏色、腸鳴音等，密切注意有無出血、穿孔發生。
(1)高頻電凝切除術：根據息肉的形態、大小、數量，及蒂的有無、長短粗細可採用以下方法。
①高頻電凝灼除法：主要用於多發半球狀小息肉。
②高頻電凝圈套切除法：主要用於有蒂息肉。
③“密接”摘除法：主要用於長蒂大息肉，難以懸於腸腔者採用大息肉密接腸壁電凝切除法。
④高頻電凝熱活檢鉗法：目前很少應用。
(2)活檢鉗除法：主要用於單發或少數球狀小息肉，簡便易行，又可取活組織病理檢查。
(3)分期分批摘除法：主要用於10～20顆息肉患者無法一次切除者。
(4)鐳射氣化法和微波透熱法：適用於無需留組織學標本者。
2、需手術治療的。外科手術指徵為：10個以上多發性、體積較大，且侷限於某一腸段的腺瘤;較大息肉堵塞大半腸腔，蒂部顯示不清或廣基腺瘤，基底直徑>2cm。大腸腺瘤切除後複發率高，有多發性腺瘤可能，應根據患者組織學型別制定細緻的臨床隨訪計劃，及早發現病變並給予及時治療。
惡性大腸息肉是指含有侵入性癌細胞的腺瘤，並有癌細胞穿過黏膜肌層進入黏膜下層。與重度不典型增生的腺瘤相比，惡性腺瘤的癌細胞並不侷限於黏膜內，所以，有轉移的可能性。對結腸鏡下切除的惡性息肉應根據息肉切除基底部位是否殘留癌細胞或是否有淋巴結轉移等確定手術治療指徵。結腸鏡下當一個息肉被懷疑為惡性時，內窺醫師應首先估計是否可在內鏡下切除，有蒂或小的無蒂息肉可被完全切除，而大的無蒂息肉應先進行活檢。息肉被切除後，所有組織應送病理檢查(即全瘤病檢)，息肉所在的部位也應詳細描述，因為如果息肉被發現是惡性時，則必須手術治療。也可將印度墨水注入息肉切除部位的腸壁，為今後可能的手術部位留下永久性定位標誌。
3、隨訪 由於大腸息肉，尤其是腺瘤性息肉已被學者公認為癌前期病變或狀態，所以，對大腸息肉患者的定期隨訪，已被提到防治早期大腸癌的高度來認識。大腸息肉，尤其腺瘤息肉，定期隨訪是防止息肉惡變的重要一環。息肉的再檢出率較高，國外報道13％～86％不等，新檢出的息肉除部分為殘留息肉再次生長的復發息肉外，一些為大腸新生息肉和遺漏息肉。為保持腸道無息肉狀態，防止大腸癌的發生，制定一個經濟有效的隨訪計劃是必要的。
(1)低危組：凡是單個、有蒂(或廣基)，但<2cm管狀腺瘤，伴輕或中度不典型增生的腺瘤。低危組腺瘤在切除腺瘤後1年複查，如陰性可每隔3年檢查1次，共2次，然後每隔5年檢查1次。但在隨訪時，每年須作大便潛血試驗。複查中一旦發現息肉即行內鏡摘除。
(2)高危組：有以下情況之一者屬高危：多個腺瘤、腺瘤直徑>2cm、廣基的絨毛狀或混合型腺瘤、腺瘤有重度不典型增生或伴原位癌、腺瘤已有浸潤性癌變者。高危險組的隨訪方案是腺瘤切除3～6個月作內鏡檢查，如陰性隔6～9個月再檢查1次，如再次陰性可隔1年檢查，如仍為陰性，每3年再檢查1次，其期間每年需作大便潛血檢查。
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