一般情況下陰莖適當發育對重建尿道比較有利。國外在患兒半歲左右就開始手術，由於黃種人自身發育情況的限制，以及護理條件、術後家庭健康支援等所限，陳紹基教授一般建議一歲半左右開始手術。這樣可以在孩子懂事之前解決問題，能夠避免給患兒造成過大的心理影響。但手術時間並不是絕對的事情，主要依據是陰莖發育的區域性狀況。對於陰莖發育情況好的孩子可以在一歲左右手術治療，對於重型尿道下裂中需要分期手術的病人也建議第一次手術的時間在一歲左右開始，這樣可以給二期手術留有更為充分的時間。所以建議在生後明確尿道下裂診斷之後不一定等到最初醫生所說的年齡再就診，而是在一歲左右再找專科醫生就診，結合患兒情況和醫生情況衡量手術時機。過早手術治療會加大手術併發症的機率。
陰莖發育主要取決於患者自身的發育能力，正常人陰莖大小也是有差異的。在近三十年的手術治療觀察和隨訪中我們發現多數尿道下裂患兒術後進入青春期的陰莖發育情況是與正常兒童相近的，少數合併陰莖發育不良的患兒能夠早一些進行人為干預對以後的發育有利。更主要的是對患兒的心理影響。孩子進入幼兒園、學校不能站立排尿對孩子的心理影響還是比較大的，多數會比較自卑，甚至自閉。不願與其他孩子交流，甚至對上學產生抵制情緒等等。孩子開始有這樣的意識一般是在三歲左右開始，所以我們建議治療時間儘量不要晚於三歲。
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