因醫院診斷與治療行為(醫源性因素)而引起的感染稱醫源性感染。在醫院的診斷與治療活動中，任何損傷面板與粘膜完整性的操作在理論上都有可能傳播艾滋病病毒感染。艾滋病病毒感染率越高的地區，發生醫源性感染的危險性也越大。醫療衛生條件越差的地區，發生醫源性感染的危險性也越大。
醫源性因素導致艾滋病傳播，隱蔽性強，危害極大。自從發現艾滋病以來，世界各國都發生過艾滋病病毒的醫源性感染，我國也不例外。輸血與血製品及不安全的採血、獻血行為是導致艾滋病病毒感染傳播與流行的主要醫源性因素。此外，下述醫源性因素在傳播艾滋病病毒感染中也超重要的作用。
(一)醫療注射與針炙
醫療注射包括肌肉注射、皮下注射和靜脈注射等。醫療注射行為都是直接突破面板粘膜屏障進入體內，如果針頭與注射器未進行嚴格消毒被艾滋病病毒汙染，就很容易導致艾滋病病毒。醫務人員的職業性暴露通過面板損傷引起血液傳播艾滋病病毒的危險性為0.2％~0.5％，經面板粘膜的暴露傳播艾滋病病毒的危險性為0.1％。在美國，有一位護士在給患者注射時，不小心摔倒，將2毫升患者的血液注入自己體內而感染了艾滋病病毒。
隨著艾滋病病毒感染者的不斷增加，經醫療注射傳播艾滋病的危險性也會與日俱增。不安全注射在發展中國家是很大的問題，一是因為這些國家普遍存在注射器的消毒問題，二是人群中可經注射傳播的血源性感染的患病率很高。
發展中國家兒童的免疫接種每年超過5.5億人次，而且農村兒童佔很大比例，由於接種現場注射器具普遍不足，消毒馬虎，存在很大的危險，而且主管部門對這種狀況採取容忍的態度，以致不安全注射在30％以上。在艾滋病病毒感染率為1％的人口中，如果注射器和針頭不消毒重複使用4次後，艾滋病病毒的交叉感染率約為3.5/萬。
1990年羅馬尼亞報告1168例艾滋病病毒感染者，94％為兒童，其中57.4％高度懷疑是由不安全注射傳播的。在我國，廣大農村、邊遠地區、部分中小城市及大中城市的部分中小醫療單位與個體診所還沒有普及使用一次性注射器與輸液器，對重複使用的注射器與輸液器消毒也不徹底，更有甚者少數私人診所重複使用回收的一次性注射器與輸液器。我國已進入艾滋病病毒感染的高發期，人群中艾滋病病毒的感染率逐年增加，因此經醫療注射傳播艾滋病的危險性在我國也會隨著艾滋病病毒感染者的不斷增加而與日俱增，應引起高度警惕。專家建議：應儘量減少不必要的醫療注射，如確因治療需要，最好採用經過嚴格消毒的一次性注射器與輸液器。
此外，因為針炙治療容易造成出血而使針炙針受汙染，所以針炙也可以導致艾滋病的傳播。接受針炙治療，最好一人一針，不要重複使用針炙針。
(二)牙科診療和各種手術
美國曾報道，有5例病人因治牙病而感染了艾滋病病毒。拔牙、補牙、洗牙等診療過程常常會造成出血和口腔粘膜破損，如果診療器械消毒不好就存在經血感染艾滋病病毒的危險。如今我國個體牙科診所遍佈大街小巷，如果對這些診所疏於管理，牙科診療就有可能成為傳播艾滋病病毒感染的重要危險因素。
各種手術過程出血較多，造成的汙染範圍較廣，很容易引起艾滋病病毒感染的傳播。另一方面，因手術使病人的面板、粘膜、組織器官造成的創傷有助於艾滋病病毒的入侵，所以也很容易導致病人感染上艾滋病病毒。據英國媒體報道，由於英國一家醫院的重大失誤，有超過500名曾經在該醫院進行過鎖眼外科手術的病人被告知他們有可能被不幸地感染了艾滋病病毒。
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