目前還沒有診斷慢性前列腺炎的“金標準”，多數情況是通過臨床症狀以及簡單的前列腺液檢查化驗而初步推斷，結合全面的體格檢查除外其他泌尿外科疾病與異常後才能初步做出診斷，因此慢性前列腺炎的診斷是一種排除性或缺陷性診斷。診斷過程包括詳細詢問病史和臨床症狀、體格檢查、尿液與前列腺按摩液化驗分析，依據病情需要進行必要的選擇性檢查。
需要特別強調的是前列腺觸診的直腸指診檢查，這一點是病人最不想配合，更不願意反覆檢查的。恰恰相反前列腺觸診、直腸按摩是最基本的也需要反覆進行的專案，他不僅是診斷前列腺炎基礎，而且是制定治療方案的依據，另外直腸按摩更是一種必不可少的基本治療。必須向病人解釋清楚，建議患者積極配合醫師。因為通過前列腺觸診醫師可以直接觸控到前列腺的大小、質地和硬度，以及溫度和中央溝有無變淺或消失，前列腺表面是否光滑、有無結節、波動感、觸痛及其程度、表面充血情況，這些都是診斷和治療所必需的，而且要反覆進行。正常成年男性的前列腺如栗子大小、邊界清楚質地中等且均勻、表面光滑無結節、無觸痛、中間呈溝型，兩側的肌肉韌帶無觸痛和張力。急性前列腺炎時觸診有較為明顯的疼痛，甚至是劇烈的疼痛，前列腺腫脹、質地堅硬，前列腺表面溫度較高，如果出現前列腺膿腫則可觸及波動感。慢性前列腺炎患者的前列腺通常可有不同程度的增大和充血感，質地可以軟或堅硬；存在嚴重感染時，可有前列腺明顯的或劇烈的觸痛，對於病程較長或採用不適當的區域性治療措施的慢性患者，前列腺有不同程度的縮小，質地變硬，形狀不規則，甚至區域性有結節。這些對診斷分型、選擇治療方案，尤其是中醫中藥的活血化瘀、疏通血脈、清熱利溼治療更為重要。不要簡單的認為祖國醫學診脈是萬能的，中醫結合現代科學的檢查手段，進行中西醫結合治療不是更好嗎？
對前列腺炎的客觀診斷要依據臨床症狀、前列腺分泌物的分析及培養結果，並結合尿液、精液、血液和病原微生物的實驗室檢查，必要時可以考慮其它輔助檢查如血清PSA水平的測定，前列腺炎可以引起PSA明顯增高。對於血清PSA水平持續升高而反覆檢查只有炎症表現的患者，基本可以確定PSA水平增高是有炎症引起的，如果治療後PSA水平下降者，即可排除前列腺癌。C反應蛋白的測定在慢性前列腺炎的診斷、分型、判斷療效有一定參考價值。另外，影像學、尿流動力學，前列腺穿刺活檢、尿道探子探查、膀胱尿道鏡檢查、前列腺內組織壓力測定，可根據患者的特殊情況慎重選擇。
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