(一)臨床症狀
1、非淋菌性尿道炎潛伏期為10-20天。
2、起病不如淋病急，症狀拖延，時輕時重，但比淋病輕。約50％的病人有尿痛、尿道癢等症狀。初診時很易被漏診。男性非淋菌性尿道炎表現為尿道不適、發癢、燒灼感或刺疼，尿道紅腫，尿道分泌物多為漿液狀、稀薄、晨起有“餬口”現象。
女性非淋菌性尿道炎表現為宮頸的炎症和糜爛、分泌物增多，宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞(高倍鏡下每視野超過10個)，陰道及外陰瘙癢，下腹不適感。注意：有些病人可無症狀或症狀不典型，易被漏診。宮頸分泌物中有多數分葉型白細胞(高倍鏡下每視野超過10個)。
3、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長時間不排尿(如晨起)尿道外口可溢位少量稀薄分泌物。有時僅表現為晨起痂膜封住尿道口或汙染內褲。檢查時，需由後向前按擠前尿道才可能有少許分泌物由尿道口溢位。有時病人有症狀無分泌物，也可無症狀而有分泌物。
4、常與淋病同時感染。前者先出現淋病症狀，經抗淋病治療後，淋球菌被青黴素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周後發病。臨床上很易被誤認為淋病未治癒或復發。
5、處理不當或治療不及時可引起併發症(1％)。如急性附睪炎、前列腺炎、結腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠、不育等。
6、新生兒通過感染的產道、生後3-13d可發生眼結膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但多不侵犯角膜。下生後2-3周可發生肺炎。症狀不斷加重，呼吸急促為其特點，但不發熱。其中半數患兒有眼結膜炎。
7、極少數病人可伴發Reifer綜合徵：尿道炎、關節炎、角膜炎、結合膜炎及皮疹。
(二)診斷
1、不潔性交史、潛伏期及症狀。
2、尿道分泌物塗片及培養排除淋球菌、念珠菌及其他細菌感染。塗片有大量白細胞，10-15個以上/400倍，5個以上/1000倍顯微鏡檢。
3、尿道分泌物或宮頸刮片，單克隆衣原體熒光抗體檢查或培養。標本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，輕輕旋轉5s，放置2-3s，然後取出培養。女性用窺陰器充分露暴宮頸，第一根拭子將宮頸表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宮頸1-2cm，旋轉10s，停2-3s，取出拭子，不要碰陰道壁。
( 三)合併症
男性主要合併症為附睪丸炎，前列腺炎及Reiter綜合徵等;女性主要為輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠及不育症等。
(四)判斷治癒標準
治療結束一週應隨訪複查。治癒標準：
1、臨床症狀消失1周以上，尿道無分泌物，或分泌物中白紅胞≤4個/100倍顯微鏡。
2、尿液澄清，沉渣鏡檢陰性。
3、尿道(宮頸)標本衣原體、支原體檢查陰性(有條件時)。
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