子宮內膜異位症，即具有生長功能的子宮內膜出現在子宮腔以外的身體其它部位。異位在子宮肌層稱“子宮肌腺症”，異位在卵巢稱“卵巢巧克力囊腫”。該病在形態學上屬良性，但它具有播散、種植、侵襲或轉移等類似惡性腫瘤的行為。病變範圍的大小可以相差懸殊，臨床症狀往往與病變程度不平行。
子宮內膜異位症病灶多數位於卵巢、宮骶韌帶、子宮下部後壁漿膜層以及直腸陷凹、乙狀結腸的腹膜層和陰道直腸膈。其中以侵犯卵巢者最常見，約佔80％。也可見於宮頸，會陰側切，或腹壁手術切口等處。臍、肺及四肢等均可發病，但很罕見。
子宮內膜異位症的治療有5 個“最好方法”：即腹腔鏡手術是最好的手術治療，卵巢抑制是最好的藥物治療，手術→藥物治療→再次腹腔鏡手術的三階段治療(three phase therapy) 是最好的聯合治療，妊娠和助孕技術是最好的期待治療。
在這些治療方法中，手術治療尤其是腹腔鏡手術是首選的也是最佳的治療手段。但是，內異症僅靠手術難於治癒，術後又易於復發，因此，藥物治療仍佔據重要地位。對於症狀不明顯或者可用藥物控制的內異症，可暫時不用手術治療。
手術可以切除病灶，分離粘連，恢復盆腔解剖結構，從而達到緩解症狀、促進生育以及減少復發的目的。因此，手術治療是內異症的基本治療。如果內異症出現盆腔包塊、不育或盆腔疼痛經藥物治療無效，則應考慮手術治療。
手術方式有三種：保留生育功能手術、保留卵巢功能手術和根治性手術，主要根據患者年齡、症狀、病變部位、範圍以及對生育的要求等決定。有學者建議對腸道、輸尿管以及陰道直腸隔內異症進行期待治療，很多情況下可避免盆腔手術所帶來的併發症以及由此支付的昂貴的手術費用。
手術方式的選擇包括腹腔鏡手術和開腹手術，兩種術式治療效果相當。尤其腹腔鏡手術集診斷和治療為一體，適用於各期子宮內膜異位症，且由於其微創特點、組織損傷小、視野清晰、術後粘連形成少、併發症低、恢復快等，已成為內異症診斷的金標準及首選的手術方式。對不孕患者，還可同時進行輸卵管通液或輸卵管整形，利於術後受孕，具有開腹手術所不具備的優點。
研究發現，手術對早期內異症不育的治療有利。國內學者研究發現手術方式對妊娠率也有影響，一般而言腹腔鏡優於開腹手術。對中重度子宮內膜異位症引起的不育，腹腔鏡3 年妊娠率為82％，明顯高於開腹手術後的妊娠率33.3％。
手術可分為保守性手術，半根治性手術和根治性手術3種：
1、保守性手術
主要用於年輕、有生育要求者。保留子宮及附件（儘量保留雙側），只是切除病灶，分離粘連，重建卵巢，修復組織。保守手術的重要目的之一，為希望妊娠足月分娩，故術前應對夫婦雙方進行徹底的不孕檢查。術後復發者仍可再次採用保守手術，仍可獲得療效。
（1）腹腔鏡手術：通過腹腔鏡檢查，可明確診斷，在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。
（2）B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術：對手術剝離術後或腹腔鏡下穿刺後復發病例，可考慮超聲下穿刺術及藥物治療。
（3）剖腹保守性手術：用於較嚴重病灶粘連患者，尤其是無腹腔鏡裝置醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者，皆可實行剖腹手術分離粘連，挖除卵巢子宮內膜樣囊腫，儘可能保留正常的卵巢組織，如病灶僅限於一側且較重，另一側正常，有人主張將病側附件切除。這樣做妊娠率較保留病側卵巢後的妊娠率高。還可做簡單子宮懸吊術。是否做骶前神經切除值得商榷。
2、半根治手術
無生育要求，病灶嚴重，而年齡較輕者（<45歲），可行子宮和病灶全切，但儘可能保留一側正常的卵巢組織，以避免絕經期症狀過早出現。一般認為半根治術後複發率低，後遺症少。切除子宮可去除具有活力的子宮內膜細胞種植的來源，從而可減少復發機會。但因保留了卵巢仍有可能復發。
3、根治性手術
年齡接近絕經期，尤其病情重，有過復發者，應實行全子宮及雙側附件切除。手術時儘可能避免卵巢內膜囊腫破裂。囊液流出時應儘快吸盡，沖洗。術後出現更年期綜合徵者，可用鎮靜劑及尼爾雌醇。腹壁、會陰切口處發生子宮內膜異位症者，應徹底切除，否則會復發。
內異症的藥物治療應該限制在以緩解疼痛、延緩復發為目的，同時顧及患者的生育要求。因此，內異症藥物治療分為單純藥物治療、術前藥物治療和/或術後藥物治療。
子宮內膜異位症術中常見病灶粘連緊密，分離時病灶易破裂，以致術中病灶難以徹底清除，故一般認為，手術治療子宮內膜異位症是使細胞減滅性的，而非治癒性的，因此術後有復發的可能。因此提出子宮內膜異位症術後用藥，既可減滅殘餘病灶、推遲內異症復發，又有預防病灶惡變的雙重作用。子宮內膜異位症患者在行保守性手術後輔以藥物治療是完全必要的。
促性腺激素釋放激素激動劑( GnRHa) 是目前公認的的治療內異症最有效的藥物，是發達國家最常用的藥物，常用療程為4~6個月，有條件者可以延長至12個月或以上。其副反應主要為低雌激素(患者血清E 水平常<30pg/ml) 引起的類似更年期的症狀和骨質丟失。
根據內異症治療所需要的“雌激素視窗”學說，用藥後患者血清E2 水平以30～50pg/ml 較為理想，故現在多主張從用藥第2～3 個月開始採用的“反向新增療法”(add-back therapy)，既減少了低雌激素的副反應，同時並不降低對內異症的療效。
除此之外，用於治療內異症的藥物還有長效醋甲孕酮、米非司酮、三苯氧胺及口服避孕藥，一些以活血化淤為主的中成藥，在臨床使用也取得實效。另外，近年用於臨床的緩釋左炔諾孕酮的宮內節育器(商品名,曼月樂) 可明顯改善內異症患者痛經和盆腔痛症狀，使異位結節縮小。
治療過程中要注意檢測血 CA-125 標記物的變化，是監測病情變化和子宮內膜異位症惡性變的有效依據。
放療用於子宮內膜異位症已有多年曆史，但如今已極少採用。原因是，應用多種藥物及手術達到很高療效，一般不破壞卵巢功能，而放射治療子宮內膜異位症的作用，在於破壞卵巢組織，從而消除卵巢激素的影響，使異位的內膜萎縮，達到治療的目的。
放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯，但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連，尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病，本人又十分懼怕手術的個別患者，也可採用體外放療，破壞卵巢功能，達到治療目的。即便個別接受放療者，必須先明確診斷，特別是不能將惡性卵巢腫瘤誤診為子宮內膜囊腫，以至錯治而延誤正確治療。
子宮內膜異位症患者常合併排卵功能障礙，故不論採用激素治療或保守性手術治療，皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。
對於不育而實行保守手術治療者，術後是否應用激素治療3～6個月以鞏固療效存在爭議。有人認為，術後1年是妊娠最易發生的時間，補充藥物、假孕治療，反而減少受孕機會。
由於發生子宮內膜異位症的病因是多方面的，經血倒流本身是否致成子宮內膜異位症尚有爭議，一些預防意見也僅對少數情況適用。但根據目前公認的病因，
預防應注意下列幾點：
1、避免在臨近月經期進行不必要的、重複的或過於粗暴的婦科雙合診，以免將子宮內膜擠入輸卵管，引起腹腔種植。
2、婦科手術儘量避免接近經期施行。必須進行時，術中操作要輕柔，避免用力擠壓宮體，否則有可能將內膜擠入輸卵管、腹腔。
3、及時矯正過度後屈子宮及宮頸管狹窄，使經血引流通暢，避免淤滯，引起倒流。
4、嚴格掌握輸卵管通暢試驗(通氣、通液)及造影的操作規程，不可在月經剛乾淨或直接在刮宮這一週期進行，以免將內膜碎片經輸卵管壓入腹腔。
5、剖宮產及剖宮取胎術中應注意防止宮腔內容溢入腹腔，在縫合子宮切口時，勿使縫線穿過子宮內膜層，縫合腹壁切口前應用生理鹽水沖洗，以防內膜種植。
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