外科手術為根治包蟲病的的首選方法，應爭取在壓迫症狀或併發症發生前施行。主要有兩種術式:內囊摘除術,外囊剝除術。
內囊摘除術時先用細針將囊液抽去(慎防囊液外溢)，然後將內囊摘除。內囊與外囊僅有輕度粘連，極易剝離，常可完整取出。肺、腦、骨等部位的包蟲病亦應行摘除手術。在手術摘除包蟲內囊之前，向包蟲囊內注入高滲鹽水以助殺死原頭蚴。
可根據病灶部位及大小酌情選擇採用外囊剝除術。
苯並咪唑類化合物是近年來國內外重點研究的抗包蟲藥物，在動物實驗的基礎上試用於臨床並取得了一定的療效。按照WHO意見，阿苯達唑和甲苯咪唑均列為抗包蟲的首選藥物。
有作者認為其適應證如下：
①繼發性腹腔或胸腔包蟲病，多發生於原發性肝或肺囊型包蟲病併發破裂之後，亦可因包蟲手術時保護不嚴，或因誤作診斷性穿刺，致使包蟲囊液外溢，繼發種植擴散，病變遍及全腹腔或全胸腔，手術難以根除。
②多發性或多臟器囊型包蟲病，或複發性包蟲病，病人不願或難以接受再(多)次手術。
③病者年邁體弱或並存重要器官的器質性疾病，手術耐受性差。
④經手術探查或不能根治的晚期肝泡球蚴病，或繼發肺、腦轉移者，藥物治療可緩解症狀，延長存活期。
⑤無論囊型或泡型包蟲病，化療作為手術前後輔助用藥，可減少複發率，提高療效。
可苯達唑問世後，在治療包蟲病方面有取代甲苯咪唑的趨勢，阿苯達唑吸收較好，其血清濃度比甲苯咪唑高100倍。包蟲囊液中濃度比甲苯咪唑高60倍。
以治療囊型包蟲病時，其劑量每日10～40mg/kg，分2次服，30天為一療程，可視病情連續數個療程，其療程優於甲苯咪唑，尤以肺包蟲病為佳。對泡型包蟲病國內有人建議長期較大劑量的阿苯達唑治療，其每日劑量為20mg/kg，療程可從17月～66月(平均為36月)不等，經長期的隨訪，發現CT掃描示明顯進步，大部分病例原病變區域全部鈣化而獲痊癒，有效率達91.7％。
一般病人對長期治療均能耐受，未見嚴重的毒副作用，但治程中宜隨訪肝、腎功能與骨髓。孕婦忌用。
甲苯咪唑國外採用劑量與療程不一。劑量自每日20～200mg/kg不等，通常以每日40～50mg/kg為宜，分3次口服，療程1月，休息半月再服另一療程，一般治療3個月。也有人認為治療囊型包蟲病者需用藥1～6月，而治療泡型包蟲病則需延長療程，久者可達3～5年。
療效報告不一，部分囊型包蟲病患者可望治癒，肺包蟲病之療效優於肝包蟲病。甲苯咪唑吸收差，一般空腹服用僅1％吸收，為求提高療效，服藥時應配合脂肪餐，藥物容易和脂肪一併吸收，據報告脂肪餐伴服時吸收率可為5％～20％。
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