首先是病變部位不一樣；其次是發病的機制和病理形態不一樣，這就決定了這兩種胃癌的治療方案和預後也不一樣了。一般來說，由於胃上部癌和遠端胃癌的淋巴結轉移規律不一樣，遠端胃癌通常可以進行遠端胃的大部分切除，有一部分胃組織殘留；而胃上部癌的標準手術治療方式就是全部胃組織切除。
同時，手術方式的不同會使患者的生活質量也不同，比如遠端胃癌患者手術後留有殘餘胃組織容易發生胃食管反流等手術併發症。總體上，在國內可通過胃癌患者手術治療的5年生存率為45％-50％。其中，與遠端胃癌相比，胃上部癌患者的5年生存率平均水平要低10％-15％，也就是說胃上部癌的治療效果更差或者預後更不好。
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