根據自身抗體臨床意義分類可分為：
1、疾病標誌性自身抗體：此類自身抗體只出現於某種AID中，絕少出現於其他疾病中，對AID的診斷價值大，但種類較少且敏感性低，如系統性紅斑狼瘡（SLE）中的抗Sm抗體（敏感性20％-30％）、抗核糖體P蛋白（rRNP）抗體（敏感性20％-30％）、抗增殖性細胞核抗原（PCNA）抗體（敏感性僅為2％-7％）。
2、疾病特異性自身抗體：此類自身抗體在某種AID中敏感性高，在其他疾病也可出現，但敏感性低，如SLE中的抗雙鏈DNA（dsDNA）抗體（活動期敏感度70％-80％，特異度90％-95％），也可見於1型自身免疫性肝炎和混合性結締組織病等疾病（敏感性低於10％）。
3、疾病相關性自身抗體：此類自身抗體與某種AID相關密切性，但在其他疾病也可出現，且敏感性不低，如原發性乾燥綜合徵（pSS）中的抗SSA抗體和抗SSB抗體，陽性率分別為70％和40％，對pSS診斷意義大，但也常出現於SLE中，陽性率分別為50％和30％。
4、疾病非特異性自身抗體：
此類自身抗體可在多種AID中出現，不具疾病診斷特異性，如抗核抗體（ANA），可見於多種結締組織病中，被作為結締組織病的篩選實驗。
5、生理性自身抗體：在正常人中常存在針對自身抗原的自身抗體，此類自身抗體效價低，不足以引起自身組織的破壞，但可以協助清除衰老蛻變的自身成分，起到免疫自穩效應，其出現的頻率和滴度隨年齡的增長而增高，常見的自身抗體有抗核抗體、類風溼因子、抗平滑肌抗體等。
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