器質性發音障礙多由先天性疾病導致，出生後即出現，可伴有先天性喉喘鳴或呼吸困難，還有顎裂，兔脣患兒也會出現發音障礙。此外，用聲不當所致發音障礙最為常見，常因發音或歌唱時由於方法不當，或過度用聲所致。
引起器質性發音障礙的主要疾病：
聲帶小結：見於兒童及成年女性。多由於長期發音濫用後聲帶組織損傷所致。其它因素包括心理因素(患者多具有進攻性人格)。過敏。內分泌失調。呼吸道感染。煙霧刺激。聲帶脫水。聽力障礙。慢性咳嗽及咽喉部反流等。
聲帶息肉：病變位於聲帶固有層淺層、位於聲帶遊離緣中1/3，多為單側，有或無蒂、水腫或血管瘤樣。常常為發音濫用後引起，可能與過度用聲後血管脆性過度增加有關。
聲帶囊腫：為聲帶內的囊腫，多見於成人。由腺管阻塞、粘液瀦留引起，隨時間增大。對側可出現小結(kissingnodules)。
喉接觸性肉芽腫：損傷可為機械性和/或炎性，有些原因不明者命名為特異性。
聲帶溝：為平行於聲帶邊緣的縱向的溝樣凹陷。
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