典型的肛瘻，從外觀上就能做出初步的判斷，因為在患者的肛門周圍和臀部的面板表面，常有一個或多個破口，表現為凹陷或突起，有膿液流出等，但若做出精準的診斷，還需結合指診、探針、染色、B超甚至核磁等才能減少誤診或漏診。
區域性觸診：觸診包括肛外觸診和肛內指診。肛外觸診對於表淺的肛瘻常可觸及瘻管的走向，直瘻還是彎曲瘻等，如果有兩個外口以上還可觸及瘻口之間是否存在聯絡，是多個單純瘻（每個外口均有一個內口）還是複雜性肛瘻（外口多而內口僅有一個）。肛內指診主要是確定內口位置以及瞭解肛管直腸環的硬化程度。一般肛瘻內口會出現凹陷、突起、壓痛、硬結等，與其它部位具有較明顯差別。如果是黏膜下瘻管通過觸診能感覺瘻管的長度、走行、是否存在腸腔狹窄等，一旦腸腔出現狹窄，還應注意與直腸佔位的區別。對於深部瘻管有時手指難以摸清其走行，尤其是恥骨直腸肌上括約肌間瘻，指診更加困難重重，常需要結合其它檢查方法作出診斷。
探針檢查及染色法：這兩種檢查方法一般術中用的比較多一些。探針檢查是一個傳統而又非常有效的檢查手段，如果是簡單直瘻，很容易由外口至內口探出，但如果瘻管彎曲甚或瘻管走行復雜或支管較多，盤根錯節，則探針很難發揮特長。從外口注入亞甲藍溶液或亞甲藍與過氧化氫混合液，觀察內口染色部位，另外染色後可通過尋找染色所經路徑，明確瘻管行徑。
造影法：可選用30％～40％碘化油或60％泛影葡胺。造影劑由外口注入，在X線下觀察瘻管的走行及內口的位置。但缺點是瘻管走行雖然清晰可見，但肛周肌肉關係不能顯影，因而不夠全面，只能對瘻管走行做大致判斷。
腔內超聲及肛門內鏡超聲：腔內超聲能清晰分辨肛瘻主管走向，支管的分佈、數量及內口位置，其準確率與超聲探頭的頻率及病變的深度有關。內鏡超聲是一種將內鏡與超聲相結合的綜合技術，在內鏡頂端裝配微型超聲探頭，可以顯示管壁各層次及周圍結構的清晰影象。
磁共振（MRI）：MRI軟組織解析度高，能直接三維成像（額狀位、矢狀位、軸位），可清晰顯示瘻管的走行及與括約肌的關係，能準確描繪肛門內外括約肌、肛提肌及恥骨直腸肌的解剖結構，特別是壓脂後，肌肉影象更加清晰。
總之，臨床上應根據肛瘻的複雜程度，選用一種或幾種檢查方法，對肛瘻的走行、內口部位以及與括約肌的關係作出準確判斷，才能準確祛除病灶，減少復發。
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