當病人做完了各項檢查放在醫生面前，根據這些資料醫生就會做出診斷並設計出治療方案。雖然僅幾分鐘，但決非一時靈感，而是經過比最先進電腦還要快的推理、對比和分析的結果。
首先從病人家屬所描述的發作情況，醫生要判斷那些方面符合癲癇的特點，有那些地方不符合。然後，權衡輕重，最重要最基本的方面是否符合癲癇，同時對比一下病人的情況是否與某些非癲癇性但有發作症狀的疾病有符合之處，如果前者為是，後者為否，癲癇的診斷就會浮出水面。
接著首先看腦電圖的結果，分析腦電圖所表現的波形有沒有與癲癇相關的現象。除正常腦電圖外，頻率變慢了或者慢波增多了，雖然是異常但與癲癇關係不大，如果有癲癇樣波形是對臨床診斷最大的支援。既使是正常腦電圖如臨床症狀非常符合癲癇，也會初步考慮為癲癇，因為正如在介紹腦電圖時所強調的由於記錄條件癲癇病人可以表現為正常腦電圖。
診斷初步確定僅完成思考過稱的第一步，根據病人發作的情況和腦電圖的表現要進一步確定是什麼型別的發作。這是一個複雜的排列對比過程，把病人的資料和醫生大腦中貯存的各種發作型別的特點一一對比，留其相似者逐步縮小範圍，最後確定為某種型別的發作。例如一位病人家屬說是全身抽搐，可是病人說自已先感到肚子不舒服有一股氣向上衝到腦子就什麼事都不知到了，再看他的腦電圖雖然兩側大腦半球有廣泛而同步的爆發，仔細測量他的爆發從某一區域性開始雖然僅提前不到一秒。把這兩點結合起來，病人的發作從一種特殊的症狀開始，腦電圖的異常也是從區域性開始，所以對比分析的結果這個病人應該是部分性發作繼發全身發作。
病人還做了其他檢查如CT、MRI及血液檢查等等，這些結果都不會影響癲癇的診斷，而是希望通過這些線索找出癲癇的病因。並非只要有異常都是癲癇的病因，例如MRI在枕部腦池擴大或發現有小囊腫，這種發現是不是癲癇的病因也需要認真的分析，這些異常的部位是不是應該出現病人症狀的部位，如果答案是肯定的則這種異常可能是癲癇的病因，否則與癲癇無關。血液化驗結果也應分析，如果一位病人血液豬囊蟲血清試驗陽性，並不一定病人發生癲癇的病因就是腦囊蟲病，因為病人腸道寄生有豬絛蟲血清學試驗也會陽性。為了明確血清試驗陽性與癲癇的真正關係，做腦脊液有關囊蟲的試驗是必需的。
最後根據診斷的結果，還要估計今後病人的預後如何，用什麼治療方案能取得最佳的療效。同為癲癇發作，型別不同後果完全不同，如兒童失神發作，對小孩智力沒有不良影響，治療效果也好;反之不典型失神發作控制發作比較困難，對智慧有不利的影響。不同發作型別用藥也不完全相同。做出癲癇的診斷所用的時間也許僅僅幾分鐘，但是，醫生付出了大量腦力去分析，去思考，這個推理過程是任何電腦代替不了的。
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