對嵴髓型頸椎病做出早期診斷很困難，甚至有研究發現因嵴髓型頸椎病進行手術治療的患者中有14.3％是誤診的。當遇到有可疑嵴髓型頸椎病症狀或體徵的患者時，首先要判斷這個患者是否確實有嵴髓病，也就是說是否真的有嵴髓型頸椎病的病理改變，有些情況是雖然不存在嵴髓病變但出現嵴髓病的表現的，例如頸椎病頸部疼痛、神經根型頸椎病、上肢外傷或關節炎、周圍神經病變或神經損傷、肌肉病、血管疾病、藥物中毒或戒斷反應、自身免疫疾病和代謝異常等。即使明確是嵴髓病，也要與其他造成嵴髓病的疾病進行鑑別。最常見的三個造成嵴髓壓迫性病因包括出血、膿腫和腫瘤，其他引起嵴髓病的病因包括嵴髓血管病（如嵴髓梗塞、嵴髓血管畸形）、腦嵴髓炎、先天性疾病（如嵴髓空洞症）、自身免疫性或獲得性疾病（如多發性硬化症、肌萎縮性嵴髓側索硬化症）、代謝性疾病（如維生素B12缺乏）等。臨床上在確診嵴髓型頸椎病前要除外這些疾病。以下是常見的需要與嵴髓型頸椎病鑑別的疾病。
（一）血管源性疾病
包括嵴髓梗死、嵴髓血腫和嵴髓血管畸形。頸椎MRI有助於排除這些疾病。硬膜動靜脈瘻主要發生於胸段嵴髓，但可以引起上肢症狀，如果未進行胸椎增強MRI則可能會漏診。有時需要進行MRI造影或傳統嵴髓造影來明確診斷並幫助制定治療計劃。雖然會有更高位的中樞神經功能障礙的表現或有急性發作的典型症狀，有時腦血管病還是會與嵴髓型頸椎病混淆。
（二）感染
雖然感染引起的嵴髓病更常見於免疫力低下的患者，但也可以發生在免疫力正常的個體。包括膿腫（細菌性、真菌性或結核性）、人類免疫缺陷病毒相關的空泡性嵴髓病、梅毒、萊姆病和鉅細胞病毒、水痘帶狀皰疹病毒及一些腸道病毒感染均可能引起嵴髓病。這類患者往往有感染的全身表現，如發熱、寒戰、甚至血白細胞計數增加等。
（三）非感染性炎症
非感染性炎症和脫髓鞘的原因包括橫貫性嵴髓炎、多發性硬化、急性播散性腦嵴髓炎、視神經嵴髓炎（NMO）等。這些疾病常表現為急性或亞急性嵴髓病的症狀，頸椎MRI通常顯示片狀提示炎症過程的T2加權像高訊號區。視神經嵴髓炎診斷依據包括MRI上縱向廣泛的嵴髓病變、視神經炎的病史和體液的NMO IgG抗體存在。多發性硬化則存在神經系統查體及大腦和嵴髓MRI的多灶性神經損害的證據。而急性播散性腦嵴髓炎一般有突然或亞急性起病、多灶性神經系統損害的表現。
（四）風溼性疾病
風溼性疾病可伴有炎症性嵴髓病變。這些疾病包括系統性紅斑狼瘡、乾燥綜合徵、結節病、類風溼關節炎。這些疾病通常可以通過影像學檢查、疾病的非神經系統損害以及血清學標誌物來與嵴髓型頸椎病進行鑑別。類風溼關節炎和強直性嵴柱炎的患者。
（五）營養和代謝疾病
營養和代謝因素導致的嵴髓病也需要進行鑑別。如果臨床上懷疑營養缺乏，無論是攝入不足還是吸收不良（如炎症性腸病、腸切除術後等）的原因造成的，都應該進行血液維生素和礦物質檢查。尤其當影像學上沒有發現引起嵴髓結構病變的徵象時要考慮到這些疾病的可能性。維生素B12缺乏可產生亞急性聯合變性，主要影響嵴髓後索和側索，MRI上可發現嵴髓後索T2加權像上高訊號改變。銅缺乏可引起嵴髓及周圍神經病變，雖然很多銅缺乏所致嵴髓病患者的嵴髓在影像學上可以是正常的，但有MRIT2加權像上嵴髓後索訊號增強的報道。維生素E缺乏和葉酸缺乏也可導致嵴髓病。
（六）腫瘤
無論是嵴髓內在或外在的腫瘤，包括膠質瘤、腦膜瘤、神經纖維瘤和轉移瘤，也應予以鑑別。腫瘤侵犯椎體時，如前列腺癌嵴柱轉移或多發性骨髓瘤，可引起嚴重疼痛、骨質破壞、嵴柱不穩及嵴髓壓迫症狀。通常腫瘤很容易通過MRI進行鑑別。而患惡性腫瘤進行放療的患者，如果嵴髓在放射野內，則會產生嵴髓損害，這種損害可能是放療後早期短暫出現感覺異常或放療數月或數年後出現輕到重度持續存在的運動或感覺障礙。
（七）其它
後縱韌帶骨化症是一種原因不明、在日本最常見、男性發病更多的疾病，它與嵴髓型頸椎病的臨床表現非常相似，但影像學上可顯示後縱韌帶韌帶骨化。嵴髓空洞症也容易與CSM混淆，但影像學上可以確診。運動神經元病，主要是肌萎縮性側索硬化症（ALS），同時累及上、下運動神經元，可以很容易誤診為CSM，反之亦然，尤其是在各自疾病早期。感覺症狀和疼痛不是ALS的特徵，但在嵴髓型頸椎病可以不存在或僅由於伴隨神經根型頸椎病或腕管綜合徵而存在這些感覺症狀。括約肌功能紊亂支援嵴髓型頸椎病的診斷，而球麻痺的症狀和體徵是ALS的特徵。
總之，在作出嵴髓型頸椎病診斷前要仔細與其他疾病相鑑別，其中主要與肌萎縮性嵴髓側索硬化症、多發性硬化症、維生素B12缺乏引起的亞急性聯合變性、腫瘤、硬膜動靜脈瘻、周圍神經卡壓（如腕管綜合症）等進行鑑別。
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