除年齡和性別外，腫瘤大小、有無包膜外侵犯及多灶病變也是影響預後的幾個因素。
1、腫瘤大小
TMC 的大小是否為影響預後的因素至今仍有爭議。但有研究將微小癌最大徑0.5～1.0 cm 與<0.5 cm病人分組比較，結果發現，前者淋巴結轉移發生率為59.0％，而後者為13.0％；前者甲狀腺包膜外侵犯發生率為10.0％，而後者僅為3.0％。雖然單因素分析中腫瘤最大徑≥0.5 cm 的病人術後易復發，但多因素分析結果顯示腫瘤大小並非獨立影響預後因素。
2、包膜外侵犯
包膜外侵犯是影響甲狀腺癌預後的重要危險因素之一。TMC 中包膜外侵犯佔2.0％～21.0％。根據外侵的程度，按TNM 分期應屬T3、T4a 或T4b，應根據分期進行積極治療。
3、多灶病變
多灶病變往往會增加對側腺葉發生病變的風險，也可能增加區域淋巴結轉移發生率，故對多灶TMC 病人的隨訪中須關注對側腺葉與頸側區淋巴結復發的危險。
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