任何一種手術都有風險，作為一種規模相對比較大的手術，前列腺癌根治術當然也不例外。該手術可能會引起很多種併發症，嚴重者甚至可能造成死亡。但總體而言，這些嚴重併發症的發生率較低，且與患者的一般情況及術者的經驗有關。具體而言，除了一般手術所共有的風險（心腦血管意外、麻醉意外、切口感染等）外，主要的風險有術中嚴重出血、直腸損傷、術後陰莖勃起功能障礙、術後切緣陽性、永久/暫時性尿失禁、膀胱尿道吻合口狹窄、尿道狹窄、深部靜脈血栓、淋巴囊腫、尿瘻、肺栓塞等。
腹腔鏡前列腺癌根治術還可能出現沿切口種植轉移、轉行開腹手術、氣體栓塞、高碳酸血癥等。另外，在進行盆腔淋巴結清掃術時有可能不慎損傷閉孔神經，術後患者會出現行走異常等情況。
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