臨床上部分慢性胃腸道疾病患者由於病程長期性和反覆性，或多或少存在一些心理問題。對於這些患者，除了疾病本身的治療，還應予以心身治療，因為心理因素在許多胃腸道疾病的發病、發展和預後等方面起著重要的作用。常見以下幾種治療方法：
1、分析性心理治療 以精神分析的理論為指導，通過自由聯想、夢的解析、詮釋和重建、修通等方法，使患者在移情中重現早年形成的心理衝突及被壓抑到潛意識中去的慾望，並通過對阻抗分析和修通，使患者逐步認清並調整自己的人格結構，產生新的應對方式。需要嚴格選擇患者和適應症。
2、認知療法 根據認知過程影響情感行為的假設理論，通過認知和行為干預技術，從而改變患者不合理想法和觀念，逐步達到緩解症狀的目的。胃腸道神經症和神經性厭食可用認知療法來治療。
3、行為療法 基於實驗心理學的成果，通過對個體的反覆訓練，矯正適應不良性行為，用於幫助患者消除和建議某些行為，從而達到治療目的。對胃腸道心身疾病可有一定療效。
4、森田療法 認為只有順應自然，接受和麵對症狀，以行動為準則，才能打破精神互動作用的惡性迴圈，培養積極向上的生活態度，最後症狀才會消失。對胃腸道神經症和心身疾病均可取得較好的療效。
5、生物反饋 利用電子儀器，把人們一般情況下不能意識到的生理功能，通過記錄和顯示系統，將這些資訊轉變為訊號，使患者能看到，聽到或者感應到這些反應。如此反覆訓練，患者就能把自己的上述感覺與軀體的功能聯絡起來，從而學會了在一定程度上調節這些功能，以達到治療目的。對潰瘍病有一定療效。
6、催眠治療 所謂催眠是指催眠師誘導受試者進入一種特殊意識狀態的技術。可應用於進食障礙、胃腸道障礙、疼痛、失眠等心身疾病。如果患者有精神病或邊緣性人格障礙、嚴重抑鬱症，則不合適。
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