1、繼發細菌性上唿吸道感染
如急性鼻竇炎或化膿性扁桃體炎。
2、繼發細菌性肺炎
流感患者可能發生如下三種肺炎，即除原發性流感病毒性肺炎外，尚可出現繼發性細菌性肺炎，或病毒與細菌混合感染性肺炎，流感病毒感染導致唿吸道上皮細胞壞死，纖毛脫落和黏液分泌功能障礙，區域性防禦功能降低，易繼發細菌感染，表現為急性支氣管炎和肺炎，普通型流感繼發細菌性肺炎較流感病毒性肺炎更為常見，多由肺炎鏈球菌，金黃色葡萄球菌，流感嗜血桿菌等引起，繼發細菌感染性肺炎與原發性病毒性肺炎常可由臨床特點區分，繼發細菌性肺炎多在流感病情已經好轉之後發生，隨後體溫復升，並伴有細菌性肺炎的症狀和體徵；細菌性肺炎亦可與流感病毒性肺炎並存，患者多為老年人，或是有慢性心肺疾病，代謝或其他疾病患者，通常以單純型流感起病，2～3天后病情加重，體溫較前更高，可伴寒戰，全身中毒症狀明顯，咳嗽加劇，咯膿痰，伴有胸痛，患者唿吸困難，發紺，肺部滿布Up音，體檢和胸片可發現有侷限性實變徵，亦可伴發胸膜炎，出現胸腔積液或膿胸，白細胞數和中性粒細胞比例顯著增高，痰塗片的革蘭染色及痰培養可顯示相關的致病菌，病情嚴重者更可引起流感後中毒性休克綜合徵。
3、Reye綜合徵(腦病-肝脂肪變綜合徵)
是甲型或乙型流感病毒感染的肝臟，神經系統併發症，在急性唿吸道感染熱退後數天出現噁心，頻繁嘔吐，嗜睡，昏迷和驚厥等神經系統症狀，肝大，無黃疸，肝功能輕度損害，組織學改變以肝，腎，心脂肪變性為特徵，Reye綜合徵病因不明，近年認為可能與長期服用阿司匹林有關。
4、其他併發症
少數患者可能出現肌炎，兒童比成人多見，表現為腓腸肌和比目魚肌的疼痛和壓痛，可發生下肢搐搦，嚴重者不能行走，乙型流感病毒較甲型更易發生這一併發症，血清肌酸磷酸激酶含量短暫升高，患者3～4天后完全康復，有報道，極少數患者可出現肌紅蛋白尿和腎衰竭，也有出現心肌損害者，表現為心電圖的異常，心律失常，心肌酶含量增高等，心包炎少有報道。
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