一、所謂晚期胃腸間質瘤，包括兩類：
1、是首次診斷就被醫生判定無法進行手術切除或已經發生轉移的患者，
2、是已經切除了腫瘤的患者再次出現復發的患者。
對於一個晚期腫瘤的患者，一般情況下治療結果是令人失望的。比如說胃癌患者，如果是晚期胃癌的患者即使在進行包括化療、放療、中醫中藥治療，生物治療的情況下，一般平均(中位)生存時間很難超過1年，而就個體而言則很難超過3年。
但是根據美國和芬蘭的一項隨機、多中心的臨床研究(B2 222)表明晚期胃腸間質瘤的平均(中位)生存時間為57個月，9年生存率達到35％。所以對於胃腸間質瘤的患者來講，即使是晚期患者也應抱有足夠的自信心，積極配合治療，這點對於取得良好的治療結果至關重要!
二、可切除胃腸間質瘤的預後
如果首次診斷胃腸間質瘤時醫生判斷可切除，那麼預後一定會比上述晚期胃腸間質瘤要好。 在伊馬替尼這個靶向藥物用於治療間質瘤之前，所有的可切除胃腸間質瘤患者的平均(中位)生存時間為66個月(注意：僅僅比上述晚期患者服用伊馬替尼的治療結果多9個月)，5年生存率為54％，所以醫生髮現單單依靠手術並不能把所有的患者治癒。
在伊馬替尼治療晚期胃腸間質瘤獲得良好療效的基礎上，這個藥物再次被應用於一部分手術切除後的胃腸間質瘤患者，其目的是為了降低復發，延長患者的生存時間。根據一項包括歐洲4個國家24家醫院近400位接受手術切除的胃腸間質瘤患者的隨機多中心臨床研究(SSGVXIII/AIO)表明，總體5年生存率為92％(術後服用伊馬替尼3年)和81.7％(術後服用伊馬替尼1年)。
而且需要指出的是上述患者是腫瘤比較大，核分裂相比較多，術中腫瘤破裂的高復發風險的患者，而如果可切除的胃腸間質瘤患者根據病理結果被判斷為術後復發風險極低、低或中等，則預後更好，可以認為將被治癒(如果運氣不是那麼差的話)。
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