間隔缺損手術分為介入封堵術和開胸手術，兩種手術過程各有特點。
房間隔缺損介入封堵手術：採用股靜脈穿刺介入進行房間隔修補的一種微創手術，優點是創傷小，恢復快，手術後無切口，缺點是手術過程要有放射線照射引導。通過股靜脈穿刺匯入傳送裝置至右心房，通過房間隔缺損後送至左心房，開啟第一面封堵器，回抽封堵器至房間隔缺損部分後開啟第二面封堵器。然後將封堵器與傳送裝置分離。手術過程中心臟始終處於跳動狀態下，避免開胸手術與體外迴圈心臟停跳過程。
房間隔缺損開胸手術：體外迴圈下開胸進行房間隔缺損的修補。優點是適用於不能行微創手術的患者，不同部位的缺損和合並其他心內畸形可以同時矯正。缺點是手術創傷較大，恢復慢。一般採用胸骨正中切口，切開心包後建立體外迴圈。體外迴圈即用體外的人工心肺機代替心臟和肺臟的功能的血液迴圈。心臟停止跳動以後對房間隔缺損進行縫線或補片縫合，然後恢 復心臟跳動。
介入封堵術和開胸手術分別適合於不同的病情情況，具體採用哪種手術方式要根據患者病情嚴重程度而定。
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