心房纖顫的患者在進行射頻消融術時，有5%到7%的患者可能會出現不同型別的併發症。常見的並且是較為嚴重的併發症為腦卒中，短暫性腦缺血發作，心臟壓塞，膈神經損傷等，還有一些相對比較罕見的併發症，比如說像心房食管瘻、肺靜脈狹窄等。射頻導管消融，治療心律失常已經有30多年的歷史了，這個技術在不斷的完善。對於藥物治療無效的陣發性心房纖顫，為導管消融的Ⅰ類適應症。
房顫導管消融術主要包括了左心房線性消融術，心房破碎電位消融術以及肺靜脈前庭電隔離術等。其中肺靜脈電隔離，術後一年的竇律維持率可達60%到80%。但是這種治療方法對於治療非陣發性心房纖顫的患者，相對成功率較低。有相關研究顯示，房顫的患者進行導管消融治療，要優於持續的藥物治療。
雖然房顫患者進行導管消融治療，可能會形成圍術期血栓，進而造成短暫性腦缺血發作或者是腦栓塞，大規模的臨床試驗研究顯示，這種情況的發病率大概是在0.5%到1%，但是無論是造成經導管心房纖顫消融治療相關的症狀性短暫性腦缺血發作和腦栓塞的嚴重程度如何，對於患者的認知功能和機體功能恢復的長期預後仍然是比較好的。
對於房顫消融術後的患者，要根據CHA2DS2-VASc評分來決定是否還需要繼續進行抗凝治療。腦卒中的低危患者，往往建議在術後服用兩個月的抗凝藥物便可以停服了，但是如果CHA2DS2-VASc評分大於2分，那麼建議應當在術後長期服用抗凝藥物，並且推薦患者首選長期服用新型口服抗凝藥。
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