隨著房顫導管消融治療的進步，越來越多的患者接受了射頻消融治療。由於消融轉復竇性節律後可能出現的心房頓抑、射頻消融術對左房機械功能的影響、消融過程中可能併發血栓栓塞等的問題，該類患者接受術後短期(術後3個月)抗凝治療目前已基本成為共識。
但消融術後無症狀房顫的發生率並不低，而無症狀房顫同樣存在血栓栓塞的危險。因此，3月後是否繼續抗凝尚存在爭議。目前認為房顫消融術後，無論患者是否有房顫發生，應根據患者發生腦卒中的危險因素決定是否繼續抗凝，對CHADS評分≥2的患者，術後終身抗凝治療。
抗凝藥物預防血栓栓塞治療的藥物包括維生素A拮抗劑(華法林、苯丙香豆素)、抗血小板藥物(阿司匹林、氯吡格雷)和新型抗凝藥物(直接凝血酶抑制劑達比加群酯、Xa因子抑制劑利伐沙班和阿派沙班)。
華法林是目前房顫抗凝最常用的藥物，已有眾多的臨床研究證實了華法林在房顫抗凝治療中的地位。房顫血栓栓塞的多項一級預防試驗的薈萃分析顯示，華法林可使腦卒中的相對危險降低68％。臨床應用一般控制INR2.0-3.0，過低會產生抗凝效率不足、血栓事件不能減少，過高則會導致出血併發症的增加。由於華法林通過細胞色素P450途徑代謝，易受胺碘酮、維拉帕米等藥物和食物的影響等藥代動力學特點，臨床實際應用中很難掌控INR的波動，這極大地限制了抗凝治療的應用。
房顫消融術後必須服華法林3個月以上，目的是防止左心房血栓形成，防止中風，並根據INR調整華法林用量，目標值為1.5-2.5。
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